16S rRNA遺伝子のシークエンシングとin situハイブリダイゼーションによる埋立地浸出水中のWWE2関連Lentisphaeraeの検出

LIMAM Rim Driss; LIMAM Rim Driss; LIMAM Rim Driss; BOUCHEZ Theodore; CHOUARI Rakia; LI Tianlun; BARKALLAH Insaf; LANDOULSI Ahmed; SGHIR Abdelghani; SGHIR Abdelghani

文献

J-GLOBAL ID：201002225640975355 整理番号：10A1529184

16S rRNA遺伝子のシークエンシングとin situハイブリダイゼーションによる埋立地浸出水中のWWE2関連Lentisphaeraeの検出

Detection of WWE2-related Lentisphaerae by 16S rRNA gene sequencing and fluorescence in situ hybridization in landfill leachate

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資料名：
巻： 56 号： 10 ページ： 846-852 発行年： 2010年10月
JST資料番号： B0506A ISSN： 0008-4166 CODEN： CJMIAZ 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：カナダ (CAN) 言語：英語 (EN)

特殊な微生物により,嫌気性発酵により有機化合物からバイオガスを生産することは新規なエネルギー源になると考えられている。そしてEvryの排水では主な嫌気性細菌としてLentisphaerae(WWE2)が見出されている。地方自治体(Vert-le-Gand,フランス)の固体廃棄物埋立地の嫌気性埋立地浸出水のサンプルを収集した。Planctomycesと関連菌(Pla46Fと1390R)を標的としたプライマーを使用して,16S rRNAクローンライブラリーを作製した。16S rRNA遺伝子の塩基配列の分析から,クローンライブラリー(検索された配列の98%)中,Lentisphaerae門のメンバーである,WWE2関連Lentisphaeraeが豊富に存在することがわかった。Victivallis vadensisの培養分離株に系統学的に関連した配列はWWE2サブグループIIとして同定されているが,配列の大部分は培養されていないLentisphaerae(WWE2サブグループI)と関連していることがわかった。そこでこれらの2つのサブグループの16S rRNA遺伝子を検出するための特異的オリゴヌクレオチドプローブをデザインした。蛍光in situハイブリダイゼーション法で浸出水サンプル中に培養されていないWWE2サブグループIが豊富に存在していることを確認した。

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微生物の生態 , 遺伝子操作

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