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J-GLOBAL ID：201002228779625790   整理番号：10A0965339

リボソームRNA標的と結合したDEADボックスヘリカーゼのRNA結合ドメインの構造によりRNA認識モチーフによる認識の新規なモードが判明した

Structure of the RNA Binding Domain of a DEAD-Box Helicase Bound to Its Ribosomal RNA Target Reveals a Novel Mode of Recognition by an RNA Recognition Motif

著者 (3件)： HARDIN John W. ,  HU Yao Xiong ,  MCKAY David B.
資料名： Journal of Molecular Biology  (Journal of Molecular Biology)
巻： 402  号： 2  ページ： 412-427  発行年： 2010年09月17日 
JST資料番号： D0124B  ISSN： 0022-2836  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 細菌DbpAサブファミリーのDEADボックスRNAヘリカーゼはC末端RNA認識モチーフドメインがペプチジルトランスフェラーゼ中心のヘアピン92を含む23SリボソームRNA(rRNA)のセグメントと密接に特異的に結合すると生物学的基質に局在する。23S rRNAの断片とBacillus subtilis DbpA蛋白質YxiNのRNA結合ドメイン(RBD)の複合体を結晶化して構造を2.9Å解像度で測定し,RNA認識モードが他のRNA認識モチーフと異なることが分った。RBDは三元ジャンクションの2個のRNA鎖と結合していた。RNA骨格の多くのリン酸がRBDのリジンにより生成した電子陽性バンドと相互作用した。ヘアピン92の1本鎖ループのヌクレオチドはG2553のグアノシン塩基を含むRBDと相互作用し,ペプチド骨格と3個の水素結合を形成した。G2553U変異によりRNA結合親和性が2桁低下し,G2553がRNA結合の配列特異性決定因子であることを確認した。リボソームサブユニット成熟の後期におけるRBDと23SrRNAの結合はサブユニットのペプチジルトランスフェラーゼクレフトのrRNAとの相互作用のための蛋白質のATP結合二本鎖不安定化断片位置にあり,不安定な二次構造の「メルトアウト」及び適切な折畳みが可能になると推察した。Copyright 2010 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *rRNA ,  *ヌクレオチジルトランスフェラーゼ ,  *結合部位 ,  ペプチジルトランスフェラーゼ ,  ヘアピン構造 ,  枯草菌 ,  タンパク質 ,  結晶構造解析 ,  分子間相互作用 ,  水素結合 ,  部位特異的変異誘発 ,  サブユニット ,  二次構造 ,  立体配座 ,  ヌクレオチド配列 ,  タンパク質複合体
準シソーラス用語： 23S rRNA ,  Bacillus subtilis ,  DbpA蛋白質 ,  *DEADボックスRNAヘリカーゼ ,  X線結晶解析 ,  YxiN ,  リボソームRNA

分類 (1件)： 酵素一般  (EB09010D)

タイトルに関連する用語 (7件)： リボソームRNA ,  標的 ,  ボックス ,  ヘリカーゼ ,  RNA結合 ,  ドメイン ,  RNA認識モチーフ