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J-GLOBAL ID：201002229362883695   整理番号：10A0398187

土壌微生物の豊富さ及び群集構造のPCRに基づく推定値に及ぼす試料共同管理の負の効果

Negative Effects of Sample Pooling on PCR-Based Estimates of Soil Microbial Richness and Community Structure

著者 (3件)： MANTER Daniel K. (ARS, USDA, Colorado) ,  WEIR Tiffany L. (Colorado State Univ., Colorado) ,  VIVANCO Jorge M. (Colorado State Univ., Colorado)
資料名： Applied and Environmental Microbiology  (Applied and Environmental Microbiology)
巻： 76  号： 7  ページ： 2086-2090  発行年： 2010年04月 
JST資料番号： A0427A  ISSN： 0099-2240  CODEN： AEMIDF  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 自動化リボソーム遺伝子間スペーサー解析(ARISA)と3種類の試料を用いて,微生物集団のプロファイリングに及ぼす3種のサンプリング方法の影響を解析した。試料は非管理(抽出及び個別増幅),PCR増幅前共同管理,DNA抽出前共同管理の3種類について検討した。この試料採取スキームを設計して同一容積の土壌を含む試料の微生物集団プロフィルに及ぼす試料採取方法の影響を調べた。試験を実施したフィールドは,トウモロコシ農地,ポンデローサマツ林地,熱帯雨林の3か所である。ARISAに関して土壌DNAの調製段階での共同管理により,認め得る系統型の豊富さが顕著に低下することがわかった。均等性が減少すると大部分の系統型は検知できなくなった。共同管理方式は試料数の減少など利点もあるが,不均一になり易い微生物の場合は実態を見過ごす危険性がある。

シソーラス用語： *土壌微生物 ,  *ミクロフローラ ,  *微生物検査 ,  試料採取 ,  DNA【核酸】 ,  PCR法 ,  自動分析 ,  rRNA遺伝子 ,  ケモタキソノミー ,  森林土 ,  畑地土 ,  試料調製 ,  生物多様性
準シソーラス用語： ITS領域

分類 (1件)： 微生物の生態  (EG03040J)

タイトルに関連する用語 (6件)： 土壌微生物 ,  群集構造 ,  PCR ,  推定値 ,  試料 ,  共同管理