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J-GLOBAL ID：201002231822556218   整理番号：10A0188602

スーパーファミリー2「ヘリカーゼ」におけるモチーフIIIは,酵母DEADボックス蛋白質Ded1における高親和性RNA結合部位へのATPの結合エネルギーの変換を助ける

Motif III in Superfamily 2 “Helicases” Helps Convert the Binding Energy of ATP into a High-Affinity RNA Binding Site in the Yeast DEAD-Box Protein Ded1

著者 (8件)： BANROQUES Josette (Inst. de Biologie Physico-chimique, CNRS UPR 9073 in association with the Univ. Paris VII, Paris 75005, FRA) ,  BANROQUES Josette (Centre de Genetique Moleculaire, CNRS FRE 3144, Gif-sur-Yvette 91198, FRA) ,  BANROQUES Josette (Dep. de Microbiologie et Medecine Moleculaire, Centre Medical Universitaire, Geneva 1211, CHE) ,  DOERE Monique (Dep. de Microbiologie et Medecine Moleculaire, Centre Medical Universitaire, Geneva 1211, CHE) ,  DREYFUS Marc (Inst. de Biologie Physico-chimique, CNRS UPR 9073 in association with the Univ. Paris VII, Paris 75005, FRA) ,  LINDER Patrick (Dep. de Microbiologie et Medecine Moleculaire, Centre Medical Universitaire, Geneva 1211, CHE) ,  TANNER N. Kyle (Inst. de Biologie Physico-chimique, CNRS UPR 9073 in association with the Univ. Paris VII, Paris 75005, FRA) ,  TANNER N. Kyle (Dep. de Microbiologie et Medecine Moleculaire, Centre Medical Universitaire, Geneva 1211, CHE)
資料名： Journal of Molecular Biology  (Journal of Molecular Biology)
巻： 396  号： 4  ページ： 949-966  発行年： 2010年03月05日 
JST資料番号： D0124B  ISSN： 0022-2836  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： スーパーファミリー2の推定ヘリカーゼにおけるモチーフIIIは,その配列及び構造的文脈の両者に高度に保存されている。それは典型的に配列アルコール-アラニン-アルコール(S/T-A-S/T)から成る。歴史的に,それはATPアーゼ活性を,RNAあるいはDNA二本鎖を破壊する「ヘリカーゼ」鎖置換活性と関連付けると考えられた。DEADボックス蛋白質は,スーパーファミリー2の最大のファミリーを構成する。すなわち,これらはRNA依存性ATPアーゼ,及びある場合には短いRNA二本鎖を破壊できるATP依存性RNA結合蛋白質である。酵母のDEADボックス蛋白質Ded1においてモチーフIII(S-A-T)を突然変異させ,in vivo表現型及びin vitro特性を分析した。さらに,Vasaの解析された構造に基づいてDed1の三次モデルを作成した。比較的高いATPアーゼ及びRNA結合活性を持つので,Ded1を用いた。Ded1は大過剰の基質で中程度に安定な二本鎖を置換できた。モチーフIIIの第二位及び第三位におけるアラニンとトレオニンがセリンより重要であること,しかし,三つの残基全ての突然変異が強い表現型を持つことを見出した。大腸菌に発現した野生型及び種々の突然変異体を精製した。モチーフIII突然変異がATPのRNA依存性加水分解(k_cat)に影響を及ぼすが,ATPに対する親和性(K_m)には影響しないことを見出した。さらに,突然変異は一本鎖RNAに対する親和性を変化及び低下させ,その結果,二本鎖を破壊する能力を低下させた。ATPやRNAに対する親和性を上昇させることにより突然変異を代償するS-A-C突然変異体の遺伝子内サブレッサーを得た。モチーフIII及びATPのγ-PO₄の結合エネルギーがモチーフI,II,及びVIと配位するために用いられ,高親和性一本鎖RNA結合部位を創造するために二つのRecA様ドメインが用いられると結論した。それはまた,ATPのβ,γ-リン酸無水結合の活性化を助けると思われる。Copyright 2010 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *ヌクレオチジルトランスフェラーゼ ,  結合エネルギー ,  結合部位 ,  アミノ酸配列 ,  アミノ酸残基 ,  Saccharomyces cerevisiae ,  表現型 ,  酵素モデル ,  ATPアーゼ ,  突然変異体 ,  組換タンパク質 ,  大腸菌 ,  *RNA結合タンパク質 ,  Michaelis定数 ,  RNA【核酸】 ,  アデニンヌクレオチド ,  リボヌクレオチド
準シソーラス用語： *Ded1 ,  RNAヘリカーゼ

分類 (1件)： 酵素一般  (EB09010D)

物質索引 (1件)： ATP【ヌクレオチド】

タイトルに関連する用語 (10件)： ファミリー ,  ヘリカーゼ ,  モチーフ ,  酵母 ,  DEADボックス蛋白質 ,  親和性 ,  RNA ,  結合部位 ,  ATP ,  結合エネルギー