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J-GLOBAL ID：201002233579618253   整理番号：10A0955144

分子動力学シミュレーションはネトロプシンとDNA間の配列特異認識を支配すエンタルピーとエントロピー駆動力を明らかにする

Molecular Dynamics Simulations Shed Light on the Enthalpic and Entropic Driving Forces That Govern the Sequence Specific Recognition between Netropsin and DNA

著者 (4件)： DOLENC Joica (Swiss Federal Inst. of Technol., Zuerich, CHE) ,  DOLENC Joica (Univ. Ljubljana, Ljubljana, SVN) ,  GERSTER Sarah (Swiss Federal Inst. of Technol., Zuerich, CHE) ,  VAN GUNSTEREN Wilfred F. (Swiss Federal Inst. of Technol., Zuerich, CHE)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 114  号： 34  ページ： 11164-11172  発行年： 2010年09月02日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 配列特異DNA副溝結合を支配する種々の駆動力をより良く理解するため,DNA副溝中のAT含有結合配列と6種類のセットの混合AT/GC含有結合配列へネトロプシン結合の熱力学的解析を行った。薬物-DNA錯体に関する構造研究は副溝結合の配列特性に係わる水素結合とvan der Waals相互作用を定義する配位子-DNA錯体の微細構造を示す。しかしながら,それらは結合時に起こるDNAと配位子中の配列依存溶媒和と立体配座を考慮できないので,構造研究単独で薬物-DNA会合の配列特異熱力学の説明ができない。分子動力学シミュレーションと自由エネルギー計算を用いて得た相対的結合自由エネルギーは結合配列で顕著な変化を示した。結合部位の中央または近位にGC塩基対を導入することはネトロプシン結合にとり好ましくなく,一方,結合部位端部でのGC塩基対は結合にマイナス影響を及ぼさないにように見えた。ネトロプシン-DNA錯体の構造解析とエネルギー学的解析は計算結合親和性における差がネトロプシン-DNA水素結合または相互作用エネルギーの面でのみで説明できないことを示した。更に,溶媒和効果と相対的結合自由エネルギーに対するエントロピー寄与は結合を決定する種々の因子の一層複雑な絵図を提供した。相対的結合自由エネルギーの解析はその大きさがそれぞれAAAGAに対する0.07からAAGAG結合配列に対する1.7にわたる比|TΔΔS|/|ΔΔH|でもって極めて配列依存性を示すことを指示した。

シソーラス用語： ペプチド系抗生物質 ,  *カルボアミド ,  *ヌクレオチド配列 ,  溶媒和 ,  立体配座 ,  *結合部位 ,  *塩基対 ,  プリン塩基 ,  ピリミジン塩基 ,  自由エネルギー ,  親和性 ,  水素結合 ,  エントロピー ,  van der Waals力 ,  微細構造 ,  エンタルピー ,  駆動力 ,  構造解析 ,  計算機シミュレーション ,  分子動力学 ,  窒素複素環化合物 ,  ヒドロキシ化合物 ,  ウレア化合物
準シソーラス用語： DNA結合 ,  結合親和性 ,  相互作用エネルギー ,  副溝【DNA】 ,  分子動力学シミュレーション

分類 (2件)： 核酸一般  (EB04010U) ,  薬物の物理化学的性質  (GV01060M)

物質索引 (5件)： アデニン ,  グアニン ,  シトシン ,  チミン ,  ネトロプシン

タイトルに関連する用語 (7件)： 分子動力学シミュレーション ,  ネトロプシン ,  DNA ,  支配 ,  エンタルピー ,  エントロピー ,  駆動力