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J-GLOBAL ID：201002235690339099   整理番号：10A0910130

捩れたインターカレーティング核酸TINA含む平行した3重鎖を形成するオリゴヌクレオチドの最適なデザイン

Optimal design of parallel triplex forming oligonucleotides containing Twisted Intercalating Nucleic Acids-TINA

著者 (6件)： SCHNEIDER Uffe V. (QuantiBact Inc, Hvidovre, DNK) ,  MIKKELSEN Nikolaj D. (QuantiBact Inc, Hvidovre, DNK) ,  JOHNK Nina (QuantiBact Inc, Hvidovre, DNK) ,  OKKELS Limei M. (QuantiBact Inc, Hvidovre, DNK) ,  WESTH Henrik (QuantiBact Inc, Hvidovre, DNK) ,  LISBY Gorm (QuantiBact Inc, Hvidovre, DNK)
資料名： Nucleic Acids Research  (Nucleic Acids Research)
巻： 38  号： 13  ページ： 4394-4403  発行年： 2010年 
JST資料番号： D0242C  ISSN： 0305-1048  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： フーグスティーン型平行3重鎖(PT)形成のインターカレーターおよびスタビライザーであるTINAに関して,3重鎖形成オリゴヌクレオチド(TFO)内の位置の特異的なデザインルールはこれまで報告されていない。本研究では,FRETにより測定した2500°C以上の融点(T_m)に基づく簡便で頑健なデザインルールについて検討した。PTの感度を上昇させるために,種々のTINAを最低3ntの間に置くか,半ヘリックスターンあるいは全ヘリックスターンごとに1個のTINAを置いた。PT上の塩基ミスマッチのΔT_mは逆平行2重鎖と比較して非常に高かいことが分かった。短いTFOおよび高いpHを選択すると,ΔT_mによるPTの特異性は増加した。ΔT_mを上昇させるために,塩基ミスマッチはTFOの中心に置き,G塩基へのA,CあるいはTのミスマッチは可能な限り避けた。塩基ミスマッチの両側へのTINAの挿入により塩基ミスマッチは中和され,TINAの3’あるいは5’への挿入によりマスクされた。以上より,TINAで安定化したPTによってDNAを利用した臨床診断法の感度や特異性が改善される可能性が示唆された。

シソーラス用語： *インターカレーション ,  *核酸 ,  オリゴヌクレオチド ,  DNA【核酸】 ,  蛍光共鳴エネルギー移動 ,  ヘリックス構造 ,  不適正塩基対 ,  診断 ,  融点
準シソーラス用語： *TINA ,  ミスマッチ塩基対 ,  三本鎖DNA

分類 (1件)： 核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (5件)： 核酸 ,  平行 ,  重鎖 ,  オリゴヌクレオチド ,  デザイン