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J-GLOBAL ID：201002238694641139   整理番号：10A0860682

タンデム質量分析による,化学修飾オリゴヌクレオチド配列確認の自動アルゴリズム

An automated algorithm for sequence confirmation of chemically modified oligonucleotides by tandem mass spectrometry

著者 (6件)： KRETSCHMER Matthias (Alnylam Pharmaceuticals, Cambridge, MA 02142, USA) ,  LAVINE Gary (Alnylam Pharmaceuticals, Cambridge, MA 02142, USA) ,  MCARDLE James (McArdle & Associates, Encinitas, CA 92024, USA) ,  KUCHIMANCHI Satya (Alnylam Pharmaceuticals, Cambridge, MA 02142, USA) ,  MURUGAIAH Veeravagu (Alnylam Pharmaceuticals, Cambridge, MA 02142, USA) ,  MANOHARAN Muthiah (Alnylam Pharmaceuticals, Cambridge, MA 02142, USA)
資料名： Analytical Biochemistry  (Analytical Biochemistry)
巻： 405  号： 2  ページ： 213-223  発行年： 2010年10月15日 
JST資料番号： H0177B  ISSN： 0003-2697  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 化学修飾オリゴヌクレオチド配列を確認する,タンデム質量分析(MS/MS)のデータ分析プログラムを開発した。方法は,3チャージ状態のフラグメントイオンに関するデコンボリューションMS/MSデータ分析と予期フラグメンテーションパターンのコンピューター生成質量セットに対するこれらデータの比較に基づいた。アルゴリズムは,予期配列に関して予測されたフラグメントセットだけでなく,元の配列の次隣接位置交換全てと,合成で現質量許容範囲内の質量を持つ分子をもたらすヌクレオシドペアワイズスワップ全てに及ぶより広いテストセットに対しても比較した。アルゴリズムは,エレクトロスプレイイオン化質量分析の同定試験では,識別されない誤った配列を同定することができた。この方法を,2′-O-メチルとホスホロチオアート結合を含む化学修飾短干渉RNAの,2つの21-mer一本鎖の順列によりテストした。両鎖に関して,問題の配列を合成して,それらが元の配列であるという前提によりテストした。アルゴリズムは,次隣接位置交換とヌクレオシドスワップの位置を正確に報告した。これらの結果は,この方法が合成オリゴヌクレオチドに関するMS/MSに基づく同定テスト方法に有用なことを確認した。Copyright 2010 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *オリゴヌクレオチド ,  siRNA ,  *ヌクレオチド配列 ,  化学修飾 ,  *タンデム質量分析 ,  *計算機アルゴリズム ,  データ解析 ,  イオン ,  RNA【核酸】
準シソーラス用語： フラグメントイオン ,  ホスホロチオアートオリゴヌクレオチド ,  *化学修飾オリゴヌクレオチド

分類 (3件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  有機化合物の物理分析  (CC03034A) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： タンデム質量分析 ,  化学修飾 ,  オリゴヌクレオチド ,  アルゴリズム