Trichodermaコミュニティ組成を記載するための分子手法の開発

MEINCKE Remo; MEINCKE Remo; WEINERT Nicole; RADL Viviane; SCHLOTER Michael; SMALLA Kornelia; BERG Gabriele

文献

J-GLOBAL ID：201002239133289599 整理番号：10A0004880

Trichodermaコミュニティ組成を記載するための分子手法の開発

Development of a molecular approach to describe the composition of Trichoderma communities

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資料名：
巻： 80 号： 1 ページ： 63-69 発行年： 2010年01月
JST資料番号： H0882A ISSN： 0167-7012 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：オランダ (NLD) 言語：英語 (EN)

Trichodermaおよびその有性世代のHypocreaは,陸上生息地における生態系機能化のためのキーとなる役割を演ずる。しかしながら,本真菌類の生態については殆ど知られていない。ここでは,多様性分析のためのTrichoderma属に特異的な新しいプライマ対を開発した。広域のマスター配列に基づいて,Trichoderma属の全分類クレードからの内部転写スペーサ領域における約650bpの断片を構成する特異的プライマ(ITSTrF/ITSTrR)を設計した。このアンプリコンはTrichoKeyおよびTrichoBLASTの同定に適した。このプライマ系を用いて,ドイツの2地域の圃場で栽培の様々なジャガイモ遺伝子型の根圏に分布するTrichodermaコニュニティの調査を行った。クローニングおよびシーケンシングによって本プライマの特異性を確認し,位置依存性のTrichoderma組成を明らかにした。この新しいプライマシステムに基づいて,準ネスト化法を用いて変性勾配ゲル電気泳動(DGGE)分析に適したアンプリコンを創成し,ジャガイモ根圏に分布するTrichodermaコミュニティ分析に適用した。DGGE法の結果,圃場におけるTrichodermaコミュニティの高い不均一性が示された。さらに,qPCRの結果,地域間でTrichodermaのコピー数に大きな違いが存在することが示された。Copyright 2009 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

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微生物形態学・分類学

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