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J-GLOBAL ID：201002245079547072   整理番号：10A0216506

二次輸送蛋白質の膜トポロジーの迅速スクリーニング

Rapid screening of membrane topology of secondary transport proteins

著者 (2件)： TER HORST Ramon (Molecular Microbiology, Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Inst., Univ. of Groningen, Groningen, NLD) ,  LOLKEMA Juke S. (Molecular Microbiology, Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Inst., Univ. of Groningen, Groningen, NLD)
資料名： Biochimica et Biophysica Acta  (Biochimica et Biophysica Acta)
巻： 1798  号： 3  ページ： 672-680  発行年： 2010年03月 
JST資料番号： B0207A  ISSN： 0005-2728  CODEN： BBBMBS  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 異なった手法に由来する膜蛋白質の膜トポロジーモデルを識別するのに限られた実験データが非常に役立つ可能性がある。蛋白質のNとC末端,および中間部の膜蛋白質の3部位の細胞配置を決定する,膜トポロジースクリーニング法を提案した。この方法は,PCRによるコード遺伝子あるいは遺伝子断片の増幅,ライゲーション非依存的クローニングによる専用ベクターへの迅速クローニング,および在来型技術を使った3部位の細胞配置の決定から成る。N末端は蛍光プローブでの標識により,中間部とC末端はレポーターとしてアルカリ性ホスファターゼ(PhoA)と緑色蛍光蛋白質(GFP)を使ったレポーター融合技術で決定した。4種の異なる構造クラスに属する,機能の知られた16の輸送蛋白質を使って,方法を評価した。13の蛋白質で3部位での位置特定の完全なセットが得られた。入力データとしてアミノ酸配列を使用する広く使われている予測法のTMHMMと,ハイドロパシープロファイル並列解析および既知の3D構造あるいは既存モデルを使うMemGenで予測した膜トポロジーモデルとの識別に,実験データを使用した。その結果,2つの方法によるモデルが類似している場合,モデルは実験データと一致した。モデルが異なる場合,MemGenモデルが実験データと一致した。より最近の予測法のMEMSAT3,OCTOPUSおよびTOPCONSはTMHMMでの観察より,実験データと著しく高い整合性を示した。Copyright 2010 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *膜タンパク質 ,  *位相幾何学 ,  *スクリーニング ,  PCR法 ,  遺伝子増幅 ,  遺伝子クローニング ,  ベクター ,  末端基 ,  プローブ ,  アルカリ性ホスファターゼ ,  緑色蛍光タンパク質 ,  融合タンパク質 ,  アミノ酸配列 ,  遺伝学実験技術
準シソーラス用語： C末端 ,  MemGen ,  MEMSAT3 ,  N末端 ,  TMHMM ,  TOPCONS ,  蛍光プローブ ,  *膜輸送蛋白質 ,  OCTOPUS

分類 (4件)： 生物科学研究法一般  (EA03010K) ,  遺伝子操作  (EC02050B) ,  分子構造  (EB03020Y) ,  生体膜一般  (EF04010G)

タイトルに関連する用語 (3件)： 輸送蛋白質 ,  膜トポロジー ,  スクリーニング