生体分子構造の基準振動解析  膜蛋白質の官能機構

BAHAR Ivet; LEZON Timothy R.; BAKAN Ahmet; SHRIVASTAVA Indira H.

文献

J-GLOBAL ID：201002247519412266 整理番号：10A0401346

生体分子構造の基準振動解析膜蛋白質の官能機構

Normal Mode Analysis of Biomolecular Structures: Functional Mechanisms of Membrane Proteins

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資料名：
巻： 110 号： 3 ページ： 1463-1497 発行年： 2010年03月
JST資料番号： B0256A ISSN： 0009-2665 CODEN： CHREAY 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：文献レビュー発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

分子生物学,特に膜蛋白質の構造動力学における基準振動解析について総説した。A.序論 A1.蛋白質動力学およびアロステリ(あらかじめ存在する立体配座間の動的平衡;集合運動の官能的特異性;基準振動解析,分子生物学において最近復活した古い技術;グローバルモードの強固性に刺激された弾性網目モデル) A2.膜蛋白質の構造動力学特異性および挑戦課題(分類,生物学的役割,薬理的重要性;膜蛋白質の構造データの増大;実験的に検出された膜蛋白質のマルチスケール動力学;構造ベースモデル,理論,計算) B.理論 B1.実験的に解明された立体配座の主成分分析(システムおよびパラメータの定義;共変行列,残余運動間の相関の指標) B2.基準振動解析(仮定および限界;基礎となるポテンシャルおよびHesiann行列;運動方程式およびその解;基準モードの有意性および遅いモードの重要性;NMAからの共変量計算構造アンサンブルのPCAによる橋かけ;基準モードによるポテンシャルエネルギー面探索) B3.弾性網目モデル(ガウシアン網目;異方性網目モデル;回転変換ブロックモデル;環境効果の処理のための拡張) C.膜蛋白質の固有動力学およびそれらの官能的特異性 C1.イオンチャンネル(グラミシジンA;カリウムチャンネル;メカノ感受性チャンネル) C2.受容体(ニコチンアセチルコリン受容体;ロドプシン) C3.輸送体(グルタメート輸送体;ATP結合カセット輸送体BtuCD) D.結論 D1.グローバルモデルの強固性および官能性(グローバルモデルの強固性,構造進化選択における要件;膜蛋白質の官能性動力学の洞察を得るために;膜蛋白質の多くの官能性運動は膜環境によらずそれらの3D構造に固有のものである;エントロピーvsエンタルピー効果,または構造vs選択性) D2.粗粒NMAの拡張および将来の方向(CG NMAおよびMDの複合法;薬物発見におけるドッキングおよびNMA;構造精密化のための基準振動;大きい生体分子系におけるアロステリック転移の探索)。

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細胞膜の輸送 , 有機化合物の赤外・Ramanスペクトル(分子) , ミセル , 分子構造 , 分子・遺伝情報処理

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