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J-GLOBAL ID：201002254118470707   整理番号：10A1099982

データ再配列を用いたマルチスレッド型パターンマッチング

Multithreaded pattern matching algorithm with data rearrangement

著者 (3件)： OH Doohwan (School of Electrical and Electronic Engineering, Yonsei Univ.) ,  KIM Seunghun (School of Electrical and Electronic Engineering, Yonsei Univ.) ,  RO Won W. (School of Electrical and Electronic Engineering, Yonsei Univ.)
資料名： IEICE Electronics Express (Web)  (IEICE Electronics Express (Web))
巻： 7  号： 20  ページ： 1520-1526 (J-STAGE)  発行年： 2010年 
JST資料番号： U0039A  ISSN： 1349-2543  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 日本 (JPN)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 多数のスレッドで探索すべきパターンを効率的に分配して高速パターンマッチング動作を達成できるマルチスレッド型パターンマッチングアルゴリズムを提案する。本提案の概念は,スレッドレベル並列化を十分に活用して探索速度を上げるように計画されている。多数のスレッドに亘って多数のパターンを分配することにより,パターンマッチング手順はキャッシュミスが少なくなり,性能が良くなる。更に,アルファベット順にターゲットパターンをソートして効率的なデータ分解を達成することを提案する。詳細な実験および性能解析により,このアルゴリズムはオリジナルのWu-Manberアルゴリズムと比較して性能がかなり改善されている。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *マルチスレッド ,  *パターンマッチング ,  *データベース ,  マイクロプロセッサ ,  マルチプロセッサシステム ,  *データ探索 ,  並列化 ,  高速アルゴリズム ,  *情報科学 ,  *生物学 ,  DNA【核酸】 ,  ヌクレオチド配列
準シソーラス用語： マルチコアプロセッサ ,  バイオインフォマティクス

分類 (1件)： その他の情報処理  (JE15050M)

引用文献 (7件)：

• [1] S. Wu and U. Manber, “A Fast Algorithm for Multi-Pattern Searching,” Department of Computer Science, UA Tech. rep., TR94-17, 1994.
• [2] C. Gibas and P. Jambeck, “Developing Bioinformatics Computer Skills”.
• [3] D. Gusfield, “Algorithms on Strings, Trees and Sequences Computer Science and Computational Biology”.
• [4] SNORT, [Online] http://www.snort.org/
• [5] F. Sanchez, E. Salami, A. Ramirez, and M. Valero, “Parallel processing in biological sequence comparison using general purpose processors,” Proc. IEEE Int. Symp. Workload Characterization 2005.

タイトルに関連する用語 (3件)： 再配列 ,  マルチスレッド ,  パターンマッチング