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J-GLOBAL ID：201002255699546683   整理番号：10A1537369

二次構造が折り畳まれている核酸のリアルタイムSNP分析

Real-Time SNP Analysis in Secondary-Structure-Folded Nucleic Acids

著者 (3件)： GRIMES Jeffrey (Univ. Central Florida, FL, USA) ,  GERASIMOVA Yulia V. (Univ. Central Florida, FL, USA) ,  KOLPASHCHIKOV Dmitry M. (Univ. Central Florida, FL, USA)
資料名： Angewandte Chemie. International Edition  (Angewandte Chemie. International Edition)
巻： 49  号： 47  ページ： 8950-8953  発行年： 2010年 
JST資料番号： H0127B  ISSN： 1433-7851  CODEN： ACIEAY  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 2種の相補的核酸鎖のハイブリッド形成は特異的DNA/DNA配列の解析に繁用されている。しかし,1本鎖DNA/RNA対象物では測定条件下で安定な二次構造が形成される。その様な折り畳み構造をとる対象物の分析は複雑で,対象領域が分子内ハイブリッド形成に内包され,プローブとのハイブリッド形成ができない。本論文では折り畳み対象物のリアルタイムでの1本鎖ヌクレオチドの多型(SNP)分析が可能となるリアルタイムハイブリッド形成プローブについて報告する。リアルタイム核酸分析の最先端ツールは分子ビーコン(MB)プローブで蛍光標識試薬と消光試薬を結合したDNAヘアピンである。対象モデルとしてタウ蛋白質をコードしている遺伝子断片を選択した。この配列のSNPはアルツハイマー病の遺伝的素因をもたらすと報告されている。タウ蛋白質に相補的なループセグメントを含むMBプローブをデザインした。二次構造により複雑化した分析対象物のSNP分析を可能にするため,対象物をMBプローブ,2種の対象物特異的オリゴヌクレオチドであるストランドfとストランドmとインキュベートした。ストランドfとストランドmは,いずれも分析対象物と相補的なフラグメントと,MBプローブと相補的なフラグメントを含む。分析対象物が存在するとストランドfの長い分析対象物結合フラグメントがSNPサイトに近接したフラグメントとハイブリッドを形成し,二次構造が有するもつれをほどいた。得たれた複合体は解析可能な1本鎖領域にSNPサイトを含んでいる。ストランドmとMBプローブのハイブリッド形成が起こり,強い蛍光の開かれたコンフォメーションのMBプローブを含む4量体が形成された。MBプローブ,ストランドm,ストランドfをタウ蛋白質遺伝子断片を試料としてインキュベートし,試料濃度に対する蛍光強度を測定した。蛍光強度は5nMから100nMまで濃度に依存して増加した。この感度は常法のMBプローブの感度に相当した。タウ蛋白質遺伝子断片の1塩基ミスマッチ体では試料の蛍光がバックグランドレベルとなり,特異性が優れていた。本方法の特徴はプローブが分析対象物をリアルタイムで検出するだけでなく,環境下での温度でSNPの正確な遺伝子型同定が可能な点である。

シソーラス用語： 二次構造 ,  *一塩基多型 ,  τタンパク質 ,  オリゴヌクレオチド ,  DNAプローブ ,  折畳み構造 ,  核酸 ,  遺伝子型 ,  蛍光測定
準シソーラス用語： *SNP

分類 (2件)： 核酸一般  (EB04010U) ,  遺伝子操作  (EC02050B)

タイトルに関連する用語 (5件)： 二次構造 ,  核酸 ,  リアルタイム ,  SNP ,  分析