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J-GLOBAL ID：201002261464445758   整理番号：10A0780972

蛋白質機能の予測に対する計算機アプローチ:多重配列アラインメントから分子ドッキングに基づいた仮想スクリーニングまでの組合せ戦略

Computational approaches for protein function prediction: A combined strategy from multiple sequence alignment to molecular docking-based virtual screening

著者 (3件)： PIERRI Ciro Leonardo (Dep. of Pharmaco-Biology, Lab. of Biochemistry and Molecular Biology, Univ. of Bari, Va E. Orabona, 4 - 70125 Bari, ITA) ,  PARISI Giovanni (Dep. of Pharmaco-Biology, Lab. of Biochemistry and Molecular Biology, Univ. of Bari, Va E. Orabona, 4 - 70125 Bari, ITA) ,  PORCELLI Vito (Dep. of Pharmaco-Biology, Lab. of Biochemistry and Molecular Biology, Univ. of Bari, Va E. Orabona, 4 - 70125 Bari, ITA)
資料名： Biochimica et Biophysica Acta  (Biochimica et Biophysica Acta)
巻： 1804  号： 9  ページ： 1695-1712  発行年： 2010年09月 
JST資料番号： B0207A  ISSN： 0005-2728  CODEN： BBBMBS  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 文献レビュー  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質の機能的特性化は,生化学,医学及び計算機科学に対する日々の挑戦である。最終的にはon the benchで証明されるが,さらなる実験的アッセイを駆動する計算機アプローチにより,蛋白質機能をうまく予測できる。比較モデリングに対する現在の方法は,構造未知蛋白質に対する正確な3Dモデルの構築を可能にし,相同蛋白質の結晶構造が利用できることを提供する。結合領域は結合部位予知者,相同結晶構造から推測されたデータ,及び研究した蛋白質及びその相同体の多重配列アラインメントの注意深い解釈を用いることにより提案できる。結合部位の位置が一度提案されると,リガンドドッキング及び化学ライブラリーの構造に基づいた仮想スクリーニングを用いることにより,結合の高い可能性を持つ化学リガンドは同定され得る。大半のドッキングアルゴリズムは,ライブラリーの各リガンドに対する最低エネルギードッキング配置のエネルギーにより選別されたリストの構築を可能にする。本レビューにおいて,3D蛋白質比較モデリング及び蛋白質-リガンド相互作用の研究における計算機アプローチの最先端を提供した。さらに,多重配列アラインメント,比較モデリング,結合領域予測,及び化学ライブラリーの構造に基づく仮想スクリーニングに基づいた,蛋白質機能予測のための可能な組合せ/協奏的多段階戦略を,適切な例を用いて述べた。実際的な例として,Ablキナーゼ分子モデリング研究,HPV-E6蛋白質多重配列アラインメント分析,及びいくつかの他のモデルドッキングに基づいた特性化報告について簡単に述べ,蛋白質機能予測における計算機アプローチの重要性に焦点を当てた。Copyright 2010 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： 計算機シミュレーション ,  遺伝学実験技術 ,  ドッキング ,  分子認識 ,  スクリーニング ,  *予測技法 ,  構造 ,  チロシンキナーゼ ,  癌タンパク質 ,  ウイルスタンパク質 ,  分子間相互作用 ,  結合部位 ,  アミノ酸配列 ,  系統樹 ,  モデリング ,  分子構造 ,  *タンパク質
準シソーラス用語： 多重配列アラインメント ,  分子ドッキング ,  仮想スクリーニング ,  三次元構造 ,  Ablキナーゼ ,  E6蛋白質 ,  分子モデリング

分類 (2件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (8件)： 蛋白質機能 ,  予測 ,  計算機 ,  多重配列アラインメント ,  分子ドッキング ,  仮想スクリーニング ,  組合せ ,  戦略