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J-GLOBAL ID：201002268656963293   整理番号：10A0955156

酵素反応をモデリングするための高水準QM/MM法を試験する:クエン酸シンターゼ中のアセチル-CoA脱プロトン

Testing High-Level QM/MM Methods for Modeling Enzyme Reactions: Acetyl-CoA Deprotonation in Citrate Synthase

著者 (5件)： VAN DER KAMP Marc W. (Univ. Bristol, Bristol, GBR) ,  ZUREK Jolanta (Univ. Bristol, Bristol, GBR) ,  MANBY Frederick R. (Univ. Bristol, Bristol, GBR) ,  HARVEY Jeremy N. (Univ. Bristol, Bristol, GBR) ,  MULHOLLAND Adrian J. (Univ. Bristol, Bristol, GBR)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 114  号： 34  ページ： 11303-11314  発行年： 2010年09月02日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 高水準の相関ab initio理論を用いる組合せ量子力学/分子力学(QM/MM)計算は酵素触媒反応に対するベンチマークを提供する。計算モデリングは酵素学の分野,例えば反応機構を解明すること及び触媒理由を解析することに顕著に寄与する。また,酵素反応のモデリングは触媒設計とドラッグデザインの分野への寄与に対し有望である。ここでは,種々のQM/MM法を試験するためこのような方法と重要な酵素反応,クエン酸シンターゼ中のアセチル補酵素Aからのプロトン引抜きに対するモデルの詳細に対する結果の感受性を使用した。ハブリッド密度汎関数理論とHartree-Fock水準で最適化した構造を用い局所結合クラスタ理論(LCCSD(T0))水準に至るまで多重QM/MMポテンシャルエネルギー面を計算した。QM法,基底関数系及びQM領域サイズの影響が顕著であることを示した。相関ab initio QM/MM計算はアセチル-CoAエノラート中間体生成に対する実験と一致した障壁を与えた。対照的に,B3LYPは中間体としてエノラートを同定し損ね,一方,BH&HLYPは同定した。結果はQM/MM法と段取りが信頼できる反応機構の結論を引き出すため,高水準の計算を完全に用いて試験されるべきであることを指示した。

シソーラス用語： *クエン酸シンターゼ ,  *ビタミンB群 ,  アシルCoA ,  *脱プロトン ,  *酵素反応 ,  *酵素反応機構 ,  構造最適化 ,  プロトン移動 ,  引抜反応 ,  エノラート ,  ポテンシャルエネルギー面 ,  ab initio法 ,  分子内力学 ,  反応中間体 ,  密度汎関数法 ,  Hartree-Fock法 ,  結合クラスタ法 ,  基底関数系 ,  ベンチマーク
準シソーラス用語： QM/MM法【分子力学】 ,  分子力学 ,  密度汎関数理論 ,  B3LYP法

分類 (1件)： 酵素一般  (EB09010D)

物質索引 (1件)： アセチル-CoA

タイトルに関連する用語 (8件)： 酵素反応 ,  モデリング ,  高水準 ,  MM法 ,  試験 ,  クエン酸シンターゼ ,  アセチル-CoA ,  脱プロトン