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J-GLOBAL ID：201002268720747940   整理番号：10A1456194

X-Pro配列:Ala-ProとAib-Proモチーフの立体配座選好性

Conformational Preferences of X-Pro Sequences: Ala-Pro and Aib-Pro Motifs

著者 (5件)： BYUN Byung Jin (Chungbuk National Univ., Chungbuk, KOR) ,  SONG Il Keun (Chungbuk National Univ., Chungbuk, KOR) ,  CHUNG Yong Je (Chungbuk National Univ., Chungbuk, KOR) ,  RYU Keun Ho (Chungbuk National Univ., Chungbuk, KOR) ,  KANG Young Kee (Chungbuk National Univ., Chungbuk, KOR)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 114  号： 44  ページ： 14077-14086  発行年： 2010年11月11日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 気相と非明示SMDモデルを用い溶媒和自由エネルギー計算した水中で経験的分散補正を用いるメタハイブリッド汎関数M06-2Xと二重ハイブリッド汎関数B2PLYPX-Dを用い,X-Proモチーフ(Ac-X-Pro-NHMe,X=Ala(1)及びAib(2))の立体配座選好性とプロリルcis-trans異性化を調べた。ここで,Ala-ProとAib-Pro(Aibはα-アミノイソブチル酸)配列はXに対するそれぞれ標準と非標準残基をもつX-Proモチーフの原型である。1は気相中で型VIβターンと水中で開放立体配座を好む。型VIβターン占有率は気相中71%から水中21%に減少し,tBoc-Ala-Pro-NMeに関するIRとNMR実験結果と合理的に一致した。しかしながら,2は気相と水中で両残基に対してαヘリックスを有する型Iβターンを好み,占有率は両相で66%と推定された。これらの計算結果はAib-Pro配列を含む多くのペプチド性がN-またはC末端で正規α螺旋立体配座しかし螺旋中央で屈曲α螺旋構造をもつ。Ala-ProとAib-Proペプチド結合のcis-trans異性化は種々の主鎖立体配座を有する時計回りの回転を経由して進行する。cis-trans異性化に対する回転障壁を水中トリペプチド1について19.73kcal/molとトリペプチド2について16.64kcal/mol推定し,回転障壁がペプチド結合に対して~3kcal/mol低いことを指示した。1に対する計算回転障壁は緩衝溶液中NMR実験からのSuc-Ala-Ala-Pro-Phe-pNAに対する観測値9.3kcal/molと一致した。

シソーラス用語： *立体配座 ,  立体異性 ,  *異性化 ,  トリペプチド ,  アミノ酸残基 ,  アミノ酸配列 ,  *二次構造 ,  占有率 ,  ペプチド結合 ,  *回転障壁 ,  気相 ,  緩衝液 ,  汎関数 ,  密度汎関数法 ,  基底関数系 ,  結合角 ,  熱力学的性質 ,  遷移状態 ,  赤外スペクトル ,  NMR【磁気共鳴】 ,  原型
準シソーラス用語： B3LYP法 ,  αヘリックス ,  βターン構造 ,  ねじれ角 ,  緩衝溶液 ,  分子立体配座

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

物質索引 (3件)： Ac-L-Ala-L-Pro-NHMe ,  Boc-L-Ala-L-Pro-NHMe ,  Ac-Aib-L-Pro-NHMe

タイトルに関連する用語 (5件)： PRO ,  AIB ,  モチーフ ,  立体配座 ,  選好性