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J-GLOBAL ID：201002268859611961   整理番号：10A0112956

ジャイアントパンダゲノムの塩基配列およびde novo組み立て

The sequence and de novo assembly of the giant panda genome

著者 (40件)： LI Ruiqiang (BGI-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  LI Ruiqiang (Univ. Copenhagen, Copenhagen Denmark) ,  FAN Wei (BGI-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  TIAN Geng (BGI-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  TIAN Geng (Graduate Univ., Chinese Acad. of Sci., Beijing, CHN) ,  ZHU Hongmei (BGI-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  HE Lin (Fudan Univ., Shanghai, CHN) ,  HE Lin (Shanghai Jiao Tong Univ., Shanghai, CHN) ,  CAI Jing (Graduate Univ., Chinese Acad. of Sci., Beijing, CHN) ,  CAI Jing (Kunming Inst. of Zoology, Chinese Acad. of Sci., Kunming, CHN) ,  HUANG Quanfei (BGI-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  CAI Qingle (BGI-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  CAI Qingle (Shenzhen Univ. Medical School, Shenzhen, CHN) ,  LI Bo (BGI-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  BAI Yinqi (BGI-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  ZHANG Zhihe (Chengdu Res. Base of Giant Panda Breeding, Chengdu, CHN) ,  ZHANG Yaping (Kunming Inst. of Zoology, Chinese Acad. of Sci., Kunming, CHN) ,  WANG Wen (Kunming Inst. of Zoology, Chinese Acad. of Sci., Kunming, CHN) ,  LI Jun (BGI-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  WEI Fuwen (Inst. of Zoology, Chinese Acad. of Sci., Beijing, CHN) ,  LI Heng (Wellcome Trust Genome Campus, Cambridge, GBR) ,  JIAN Min (BGI-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  LI Jianwen (BGI-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  ZHANG Zhaolei (Univ. Toronto, Ontario, CAN) ,  NIELSEN Rasmus (UC-Berkeley, California, USA) ,  LI Dawei (BGI-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  GU Wanjun (Southeast Univ., Nanjing, CHN) ,  YANG Zhentao (BGI-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  XUAN Zhaoling (BGI-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  RYDER Oliver A. (San Diego Zoo’s Inst. for Conservation Res., California, USA) ,  LEUNG Frederick Chi-Ching (Univ. Hong Kong, Hong Kong, CHN) ,  ZHOU Yan (BGI-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  CAO Jianjun (BGI-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  SUN Xiao (Southeast Univ., Nanjing, CHN) ,  FU Yonggui (Sun Yat-sen Univ., Guanghou, CHN) ,  FANG Xiaodong (BGI-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  GUO Xiaosen (BGI-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  WANG Bo (BGI-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  HOU Rong (Chengdu Res. Base of Giant Panda Breeding, Chengdu, CHN) ,  SHEN Fujun (Chengdu Res. Base of Giant Panda Breeding, Chengdu, CHN)
資料名： Nature (London)  (Nature (London))
巻： 463  号： 7279  ページ： 311-317  発行年： 2010年01月21日 
JST資料番号： D0193B  ISSN： 0028-0836  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 今回我々は,次世代塩基配列解読(シーケンシング)技術のみを用いて,ジャイアントパンダゲノムの概要配列の作製と組み立てを達成した。得られたコンティグ(2.25ギガ塩基(Gb))はゲノム全体の約94%に相当し,残りの未解読領域(0.05Gb)には食肉類に特有の反復配列および縦列反復配列が含まれると考えられる。イヌおよびヒトと比較すると,パンダゲノムは分岐率が低いことが明らかになった。パンダ固有形質の一部の基盤と考えられる遺伝子の分析は,そのササ食が,自身の遺伝子構成よりも腸内微生物叢により大きく依存している可能性を示している。また,パンダの二倍体ゲノム中では,ヘテロ接合性の一塩基多型が270万個以上見つかった。今回のデータおよび分析結果は,哺乳類の遺伝学的研究を促進する基盤となるものであり,次世代シーケンシング技術の使用により,大型の真核生物ゲノムのde novo組み立てが高い精度および費用効率で迅速に行えることを示している。Copyright Nature Publishing Group 2010

シソーラス用語： *ゲノム ,  ヌクレオチド配列 ,  遺伝子 ,  腸内微生物 ,  植食性 ,  ササ属 ,  一塩基多型 ,  反復配列 ,  *ジャイアントパンダ ,  *食肉目 ,  *哺乳類
準シソーラス用語： *食肉類

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (4件)： ジャイアントパンダ ,  ゲノム ,  塩基配列 ,  組み立て