文献

J-GLOBAL ID：201002269089593451   整理番号：10A0553450

ChIP-Seqデータを用いた転写因子結合部位の検出と参照について

On the detection and refinement of transcription factor binding sites using ChIP-Seq data

著者 (8件)： HU Ming (Univ. Michigan, Michigan) ,  YU Jindan (Univ. Michigan, Michigan) ,  YU Jindan (Northwestern Univ., Illinois) ,  TAYLOR Jeremy M. G. (Univ. Michigan, Michigan) ,  CHINNAIYAN Arul M. (Univ. Michigan, Michigan) ,  CHINNAIYAN Arul M. (Univ. Michigan Medical School) ,  CHINNAIYAN Arul M. (Howard Hughes Medical Inst., Michigan, USA) ,  QIN Zhaohui S. (Univ. Michigan, Michigan)
資料名： Nucleic Acids Research  (Nucleic Acids Research)
巻： 38  号： 7  ページ： 2154-2167  発行年： 2010年 
JST資料番号： D0242C  ISSN： 0305-1048  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： クロマチン免疫沈降(ChIP)-Seqデータにおける転写因子結合部位(TFBS)モチーフの発見のために特にデザインしたHybrid Motif Sampler(HMS)と呼ばれる新しいコンピューターアルゴリズムを紹介する。モチーフの同定を助けるために,シーケンシング深度情報を組み入れるベイズモデルを提唱する。シミュレーション研究は他の既存の手法に比べ,HMSの有利な性能を立証した。実際のChIP-SeqデータセットにHMSを適用した時,存在するTFBSモチーフパターンの正確性が著しく改善でき,試した全てのTFBSモチーフの内側で著しいモチーフ内依存性が見られた。

シソーラス用語： 免疫沈降反応 ,  *転写因子 ,  *結合部位 ,  アミノ酸配列 ,  検出法 ,  *計算機アルゴリズム ,  シミュレーション ,  統計解析 ,  CPU時間 ,  数学モデル
準シソーラス用語： クロマチン免疫沈降 ,  アミノ酸モチーフ ,  *コンピュータアルゴリズム ,  蛋白質相互作用ドメインとモチーフ ,  分子シミュレーション ,  計算時間

分類 (2件)： 計算機シミュレーション  (JE11000H) ,  分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (3件)： CHIP ,  転写因子結合部位 ,  参照