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J-GLOBAL ID：201002269753017552   整理番号：10A0216762

想定されている遷移状態の一つの性質を有するpM多基質類似体阻害剤との複合体での組み換えPNPの1.45Å解像度の結晶構造

1.45Å resolution crystal structure of recombinant PNP in complex with a pM multisubstrate analogue inhibitor bearing one feature of the postulated transition state

著者 (15件)： CHOJNOWSKI Grzegorz (Dep. of Biophysics, Inst. of Experimental Physics, Univ. of Warsaw, Zwirki i Wigury 93, 02-089 Warsaw, POL) ,  CHOJNOWSKI Grzegorz (International Inst. of Molecular and Cell Biology, Trojdena 4, 02-109 Warsaw, POL) ,  BREER Katarzyna (Dep. of Biophysics, Inst. of Experimental Physics, Univ. of Warsaw, Zwirki i Wigury 93, 02-089 Warsaw, POL) ,  NARCZYK Marta (Dep. of Biophysics, Inst. of Experimental Physics, Univ. of Warsaw, Zwirki i Wigury 93, 02-089 Warsaw, POL) ,  WIELGUS-KUTROWSKA Beata (Dep. of Biophysics, Inst. of Experimental Physics, Univ. of Warsaw, Zwirki i Wigury 93, 02-089 Warsaw, POL) ,  CZAPINSKA Honorata (International Inst. of Molecular and Cell Biology, Trojdena 4, 02-109 Warsaw, POL) ,  HASHIMOTO Mariko (School of Pharmacy, Tokyo Univ. of Pharmacy and Life Sciences, 1432-1 Horinouchi, Hachioji, Tokyo 192-0392, JPN) ,  HIKISHIMA Sadao (School of Pharmacy, Tokyo Univ. of Pharmacy and Life Sciences, 1432-1 Horinouchi, Hachioji, Tokyo 192-0392, JPN) ,  YOKOMATSU Tsutomu (School of Pharmacy, Tokyo Univ. of Pharmacy and Life Sciences, 1432-1 Horinouchi, Hachioji, Tokyo 192-0392, JPN) ,  BOCHTLER Matthias (International Inst. of Molecular and Cell Biology, Trojdena 4, 02-109 Warsaw, POL) ,  BOCHTLER Matthias (Schools of Chemistry and Biosciences, Park Place, CF10 3AT Cardiff, GBR) ,  BOCHTLER Matthias (Max Planck Inst. of Molecular Cell Biology and Genetics, Pfotenhauerstr. 108, 01309 Dresden, DEU) ,  GIRSTUN Agnieszka (Dep. of Molecular Biology, Inst. of Biochemistry, Univ. of Warsaw, Miecznikowa 1, 02-096 Warsaw, POL) ,  STARON Krzysztof (Dep. of Molecular Biology, Inst. of Biochemistry, Univ. of Warsaw, Miecznikowa 1, 02-096 Warsaw, POL) ,  BZOWSKA Agnieszka (Dep. of Biophysics, Inst. of Experimental Physics, Univ. of Warsaw, Zwirki i Wigury 93, 02-089 Warsaw, POL)
資料名： Biochemical and Biophysical Research Communications  (Biochemical and Biophysical Research Communications)
巻： 391  号： 1  ページ： 703-708  発行年： 2010年01月01日 
JST資料番号： B0118A  ISSN： 0006-291X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 低分子量プリンヌクレオシドホスホリラーゼ(PNP,E.C. 2.4.2.1)は,イムシリンにより強く阻害される,ホモ三量体酵素である。リボース様部分(イミノリビトール残基)上の陽性荷電およびプリン環のN7原子のプロトン化により,イムシリンは,遷移状態類似体として作用すると考えられている。広い範囲の濃度で,イムシリンは,酵素の3番目の結合部位のみが占有される(3番目の結合部位)ように,PNPに対し強い負の協調性で結合する。9-(5′,5′-ジフルオロ-5′-ホスホノペンチル)-9-デアザグアニン(DFPP-DG)は,イムシリンとN7のプロトン化を共有するが,分子のリボース様部分の正の荷電は共有しない。我々は以前,DFPP-DGがサブナノモル阻害定数でPNPと相互作用することを示した。ここでは,阻害剤が三量体PNPの3種類の基質結合部位に同じK_d(~190pM)で結合することを示す更なる生化学的実験,および今までにPNPに対し報告されている最も高い解像度,1.45Å解像度でDFPP-DGとの複合体におけるPNPの結晶構造を報告する。結晶は,非対称単位で完全なPNPホモ三量体を含んだ。DFPP-DGは,重ね合わせることができ,3個全てのPNPサブユニットへの完全に占有できる方法で結合した。このように,イムシリンの仮定の3番目の部位結合は,むしろ遷移状態の2番目の特徴,リガンドのリボオキソカルベニウムイオン性質または遷移状態に特徴的な両性質の共存に関わる。DFPP-DG/PNP複合体構造は,燐酸結合部位をカバーする,Pro57~Gly66のループが,ホスホン酸類似体により安定化されない,より初期の観察を確認した。塩基結合部位をカバーするGlu250~Gln266ループは,Asn243と想定されている遷移状態の一つの性質を有する類似体のプリン塩基(プロトン化N7部位)のフーグスティーンエッジとの相互作用により構成された。Copyright 2010 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： 遷移状態 ,  *結晶構造 ,  *プリンヌクレオシドホスホリラーゼ ,  結合部位 ,  蛍光分析 ,  定数 ,  分子間相互作用 ,  *複合体 ,  水分子
準シソーラス用語： イムシリン ,  阻害定数 ,  *酵素阻害剤複合体

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  酵素一般  (EB09010D)

タイトルに関連する用語 (11件)： 想定 ,  遷移状態 ,  性質 ,  Pm ,  基質 ,  類似体 ,  阻害剤 ,  複合体 ,  組み換え ,  解像度 ,  結晶構造