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J-GLOBAL ID：201002270462869487   整理番号：10A0335995

RNA折り畳み中間体の伸展構造は静電斥力よりむしろ非天然的相互作用による

Extended Structures in RNA Folding Intermediates Are Due to Nonnative Interactions Rather than Electrostatic Repulsion

著者 (11件)： BAIRD Nathan J. (Dep. of Biochemistry and Molecular Biology, Univ. of Chicago, Chicago, IL 60637, USA) ,  GONG Haipeng (Dep. of Biochemistry and Molecular Biology, Univ. of Chicago, Chicago, IL 60637, USA) ,  ZAHEER Syed S. (Dep. of Biochemistry and Molecular Biology, Univ. of Chicago, Chicago, IL 60637, USA) ,  FREED Karl F. (James Franck Inst., Univ. of Chicago, Chicago, IL 60637, USA) ,  FREED Karl F. (Computation Inst., Univ. of Chicago, Chicago, IL 60637, USA) ,  FREED Karl F. (Dep. of Chemistry, Univ. of Chicago, Chicago, IL 60637, USA) ,  PAN Tao (Dep. of Biochemistry and Molecular Biology, Univ. of Chicago, Chicago, IL 60637, USA) ,  PAN Tao (Inst. for Biophysical Dynamics, Univ. of Chicago, Chicago, IL 60637, USA) ,  SOSNICK Tobin R. (Dep. of Biochemistry and Molecular Biology, Univ. of Chicago, Chicago, IL 60637, USA) ,  SOSNICK Tobin R. (Computation Inst., Univ. of Chicago, Chicago, IL 60637, USA) ,  SOSNICK Tobin R. (Inst. for Biophysical Dynamics, Univ. of Chicago, Chicago, IL 60637, USA)
資料名： Journal of Molecular Biology  (Journal of Molecular Biology)
巻： 397  号： 5  ページ： 1298-1306  発行年： 2010年04月16日 
JST資料番号： D0124B  ISSN： 0022-2836  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： RNA折り畳みは,天然構造を折り畳むのに必要なMg²⁺濃度より低いときの準安定分子中間体間の一連の転移を介して生じる。一般的に,これらの折り畳み中間体はそれぞれの天然状態よりかなり緩んだ形をしている。以前,枯草菌RNアーゼP RNAの154残基特異性ドメイン(Sドメイン)の主要な平衡中間体はその天然構造より伸展していることを証明した。今回,異なる種類のP RNAに属し,異なる天然構造を有する枯草菌と大腸菌RNアーゼP RNAのSドメインの伸展中間体構造の起源に関する反証可能な予測による二つのモデルを研究した。最初のモデルで静電斥力の関与を調べ,一方,二番目のモデルで折り畳み中間体の中核での特殊な相互作用を調べた。小角X線散乱とLangevin動力学シミュレーションを使い,静電気はそれほど重要な役割を果たしていないが,特殊な相互作用が主に中間体伸展構造に関わっていることを示した。非天然塩基対を含む中核での構造接触は中間体配座の安定化に役立っていた。RNA折り畳み中間体はヘリックスドメインの一般的静電排斥よりむしろ短距離の非天然相互作用による伸展配座をとると結論付けた。これらの原理は機能的に関連した配座転移を示す他のリボザイムとリボスイッチに応用できる。Copyright 2010 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *RNアーゼP ,  RNA【核酸】 ,  *折畳み構造 ,  *中間体 ,  *立体配座 ,  静電気 ,  斥力 ,  分子内相互作用 ,  枯草菌 ,  大腸菌 ,  アミノ酸残基 ,  小角X線散乱 ,  計算機シミュレーション ,  ヘリックス構造 ,  リボザイム ,  mRNA ,  濃度依存性
準シソーラス用語： リボスイッチ ,  分子動力学シミュレーション

分類 (3件)： 核酸一般  (EB04010U) ,  高分子の立体構造  (CG02031G) ,  微生物の生化学  (EG03020N)

タイトルに関連する用語 (5件)： RNA折り畳み ,  中間体 ,  伸展 ,  斥力 ,  相互作用