DNA中積層と水素結合間の相互関係  グアニン-シトシン,グアニン-5-メチルシトシン及びそれらの二量体の理論研究

ACOSTA-SILVA Carles; BRANCHADELL Vicenc; BERTRAN Joan; OLIVA Antoni

文献

J-GLOBAL ID：201002271931812773 整理番号：10A0878396

DNA中積層と水素結合間の相互関係グアニン-シトシン,グアニン-5-メチルシトシン及びそれらの二量体の理論研究

Mutual Relationship between Stacking and Hydrogen Bonding in DNA. Theoretical Study of Guanine-Cytosine, Guanine-5-methylcytosine, and Their Dimers

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資料名：
巻： 114 号： 31 ページ： 10217-10227 発行年： 2010年08月12日
JST資料番号： W0921A ISSN： 1520-6106 CODEN： JPCBFK 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

DNA中シトシン(C)と5-メチルシトシン(C′)に関する積層と水素結合間の相互関係及び異なる挙動の積層可能性影響を調べた。グアニン(G)-シトシン(C)Watson-Crick塩基対合に関して異なる相対的水素結合長に理論と実験結果間に幾つかの矛盾があるので,G-C,G-C′二量体(すなわち,G-C/C-G及びG-C′/C′-G)の異なる構造に関して,四種類の汎関数を用いる完全密度汎関数理論(DFT)最適化を通して調べた。本結果はO₆...H-N水素結合長とO₂...H-N水素結合長の両者が互いに接近し,ある事例では反転か起こるように積層がO₆...H-N水素結合長の増加とO₂...H-N水素結合長の同時減少を導くことを示した。これらの結果は積層が二種類の横向き水素結合の相対的強さに関する理論と実験間の視差を説明する要因であることを示唆した。CとC′間の差について,メチル化が主に分極率の増加により積層相互作用を増強することを示した。また,メチル化はDNAの局所歪みを創り出す滑り構造の存在を好む。

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核酸一般

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DNA中積層と水素結合間の相互関係 グアニン-シトシン,グアニン-5-メチルシトシン及びそれらの二量体の理論研究

DNA中積層と水素結合間の相互関係グアニン-シトシン,グアニン-5-メチルシトシン及びそれらの二量体の理論研究