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J-GLOBAL ID：201002276904789630   整理番号：10A0955146

ササゲ萎黄病の黄斑ウイルスカプシド膨潤の全原子多規模シミュレーション

All-Atom Multiscale Simulation of Cowpea Chlorotic Mottle Virus Capsid Swelling

著者 (3件)： MIAO Yinglong (Indiana Univ., Indiana) ,  JOHNSON John E. (Scripps Res. Inst., California) ,  ORTOLEVA Peter J. (Indiana Univ., Indiana)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 114  号： 34  ページ： 11181-11195  発行年： 2010年09月02日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 大きなバイオナノシステムをシミュレーションするため,全原子多規模計算モデリングアプローチ,分子動力学/秩序パラメータ外挿(MD/OPX)が最近開発された。そのアプローチは分子動力学シミュレーションを加速し,バイオナノシステムの高速原子論的ゆらぎと緩速変化ナノスケール動力学を同時に取組む。ササゲ萎黄病黄斑ウイル(CCMV)はBromoviridae系列のブロモウイルス群の一員である。天然CCMVはpHが5.0から7.0に高まるまたは2価カチオン不在及び低イオン強度で可逆的膨潤(カプシド直径の~10%増)を受けることが知られている。水分子とイオンを説明するため添加した構成単位でもって,ホスト媒質中で溶媒和したCCMVウイルスの膨潤をシミュレーションするためMD/OPXを適用した。シミュレーション結果はカプシド蛋白質のN末端腕がカプシド膨潤の初期段階の間に迅速に拡張した腕の長さでもって初期の立体配置から大きな変位を受けることを示した。カプシド膨潤は局所開始と前面伝搬を含む対称性の破れ過程である。シミュレーションの初期段階でカプシド膨潤速度は~0.25nm/nsであり,カプシドを横切る構造転移の伝搬は大雑把に0.6nm/nsである。カプシドの膨潤に影響する系の条件を解析した。CCMVカプシド膨潤に対する相図を作製し,実験を手引きする予測を用いる展望を考察した。

シソーラス用語： *ササゲ ,  植物病害 ,  *ブロモウイルス ,  萎黄病 ,  黄斑 ,  カプシド ,  *ウイルスタンパク質 ,  膨潤 ,  ブロモウイルス科 ,  pH依存性 ,  イオン強度 ,  分子動力学 ,  計算機シミュレーション ,  秩序パラメータ ,  外挿法 ,  ゆらぎ ,  ナノ構造 ,  計算モデル ,  溶媒和 ,  立体配置 ,  対称性の破れ ,  状態図 ,  流れ図 ,  水分子
準シソーラス用語： ポリカチオン ,  Bromoviridae ,  カプシド蛋白質 ,  ナノスケール ,  相図 ,  分子動力学シミュレーション ,  二価カチオン ,  フローチャート

分類 (2件)： ウイルスによる植物病害  (FC04054G) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (8件)： ササゲ ,  萎黄病 ,  黄斑 ,  ウイルスカプシド ,  膨潤 ,  原子 ,  規模 ,  シミュレーション