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J-GLOBAL ID：201002277572447434   整理番号：10A0433603

DNA抽出効率の変動によって影響されない株特異的リアルタイムPCRによるトウモロコシの根圏におけるPseudomonas fluorescens株F113,CHA0及びPf153の定量

Quantification of Pseudomonas fluorescens strains F113, CHA0 and Pf153 in the rhizosphere of maize by strain-specific real-time PCR unaffected by the variability of DNA extraction efficiency

著者 (3件)： VON FELTEN Andreas (Inst. of Integrative Biology, Plant Pathology, Swiss Federal Inst. of Technol., CH-8092 Zurich, CHE) ,  DEFAGO Genevieve (Inst. of Integrative Biology, Plant Pathology, Swiss Federal Inst. of Technol., CH-8092 Zurich, CHE) ,  MAURHOFER Monika (Inst. of Integrative Biology, Plant Pathology, Swiss Federal Inst. of Technol., CH-8092 Zurich, CHE)
資料名： Journal of Microbiological Methods  (Journal of Microbiological Methods)
巻： 81  号： 2  ページ： 108-115  発行年： 2010年05月 
JST資料番号： H0882A  ISSN： 0167-7012  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Pseudomonas fluorescens株F113とCHA0はバイオコントロール実験でのモデル株としてよく用いられる周知の植物成長促進性根圏細菌(PGPR)である。大規模な圃場試験でのそれらの持続性をモニターするために,培養非依存性の方法が必要である。本研究で,株特異的リアルタイムPCR定量化ツールがP.fluorescens株F113,CHA0及びPf153の配列特性化増幅領域(SCAR)に基づいて開発された。根圏試料からのDNA抽出効率の違いはリアルタイム増幅後,C_T値を正常化するために内部標準のプラスミドAPA9を用いて回避された。3種全ての株のリアルタイムPCR分析の検出限界はおおよそゲノムDNAで10細胞,異なる自然土壌で育てられたトウモロコシ試料で10⁴細胞/g根圏であった。新しいリアルタイムPCRアプローチで測定されたトウモロコシの根圏内の3種の株の個体数は最確数(MPN)-PCRによる測定値に類似した。3種の株の持続性試験で,株は5週間にわたってそれぞれ異なる持続性を示した。結論として,新しく開発したリアルタイムPCRアプローチは自然土壌での個々のバイオコントロール株をモニターする迅速かつ資源有効的な方法であり,将来の大規模な圃場試験にふさわしい定量化ツールになる。Copyright 2010 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： 抽出 ,  蛍光菌 ,  *根圏 ,  トウモロコシ ,  圃場試験 ,  *PCR法 ,  *定量的分析 ,  系統差 ,  数 ,  リアルタイムPCR法
準シソーラス用語： DNA抽出 ,  Pseudomonas fluorescens ,  実時間PCR法 ,  系統特異性 ,  個体数

分類 (1件)： 微生物検査法  (EG02020G)

タイトルに関連する用語 (8件)： DNA ,  抽出効率 ,  株 ,  リアルタイムPCR ,  トウモロコシ ,  根圏 ,  Pseudomonas ,  定量