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J-GLOBAL ID：201002280709345546   整理番号：10A0511860

RNA-Seqによる転写物の組み立ておよび定量から細胞分化中のアノテーションされていない転写物およびアイソフォームスイッチングが明らかとなる

Transcript assembly and quantification by RNA-Seq reveals unannotated transcripts and isoform switching during cell differentiation

著者 (10件)： TRAPNELL Cole (Univ. Maryland, Maryland, USA) ,  SALZBERG Steven L (Univ. Maryland, Maryland, USA) ,  PERTEA Geo (Univ. Maryland, Maryland, USA) ,  TRAPNELL Cole (Univ. California, California, USA) ,  PACHTER Lior (Univ. California, California, USA) ,  WILLIAMS Brian A (California Inst. of Technol., California, USA) ,  MORTAZAVI Ali (California Inst. of Technol., California, USA) ,  KWAN Gordon (California Inst. of Technol., California, USA) ,  WOLD Barbara J (California Inst. of Technol., California, USA) ,  VAN BAREN Marijke J (Washington Univ. in St. Louis, Missouri, USA)
資料名： Nature Biotechnology  (Nature Biotechnology)
巻： 28  号： 5  ページ： 511-515  発行年： 2010年05月 
JST資料番号： H0870A  ISSN： 1087-0156  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 高処理能mRNA配列解読法(RNA-Seq)は,転写物の発見と量の推定とを同時に行うことが期待されている。しかし,そのためには,事前の遺伝子アノテーションに制限されず,選択的な転写およびスプライシングを説明するアルゴリズムが必要となる。本論文では,Cufflinksと呼ばれるオープンソース・ソフトウェアプログラムのそうしたアルゴリズムを紹介する。Cufflinksを検証するため,一連の分化段階にわたってマウス筋芽細胞系列に由来する4億3,000万個以上の75bpのペアエンドRNA-Seq読み取り配列を解読して分析した。その結果,既知転写物13,692個,およびこれまでにアノテーションされていない転写物3,724個が検出され,そのうち62%は,独立した発現データ,または別の種の相同遺伝子によって支持された。時系列でみると,優勢な転写開始部位(TSS)の完全な切り替えまたはスプライス・アイソフォームが330個の遺伝子で認められ,それ以外の1,304個の遺伝子にもわずかな変化が認められた。今回の結果は,Cufflinksにより,この研究の進んでいる筋発生モデルでも調節に関する柔軟性および複雑性が十分に明らかにされ,トランスクリプトームに基づくゲノムアノテーションが改善されることを示唆している。Copyright Nature Publishing Group 2010

シソーラス用語： *アルゴリズム ,  *ヌクレオチド配列 ,  *トランスクリプトーム ,  *ゲノム ,  マウス ,  筋芽細胞 ,  細胞分化 ,  *アノテーション ,  遺伝子発現 ,  計算機利用 ,  mRNA ,  形態
準シソーラス用語： *Cufflinks ,  イソ型 ,  *ゲノムアノテーション

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： RNA-seq ,  転写 ,  組み立て ,  定量 ,  細胞分化 ,  アノテーション