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J-GLOBAL ID：201002284323391697   整理番号：10A0213248

16S rRNAに基づいた配列分析を使った飲料水中の細菌個体群の同定

Identification of bacterial populations in drinking water using 16S rRNA-based sequence analyses

著者 (5件)： REVETTA Randy P. (US Environmental Protection Agency, 26 W. Martin Luther King Dr., Cincinnati, OH 45268, USA) ,  PEMBERTON Adin (Pegasus Technical Services Inc., 26 W. Martin Luther King Dr., Cincinnati, OH, USA) ,  LAMENDELLA Regina (Dep. of Civil and Environmental Engineering, Univ. of Cincinnati, Cincinnati, OH 45220, USA) ,  IKER Brandon (US Environmental Protection Agency, 26 W. Martin Luther King Dr., Cincinnati, OH 45268, USA) ,  SANTO DOMINGO Jorge W. (US Environmental Protection Agency, 26 W. Martin Luther King Dr., Cincinnati, OH 45268, USA)
資料名： Water Research  (Water Research)
巻： 44  号： 5  ページ： 1353-1360  発行年： 2010年03月 
JST資料番号： B0760A  ISSN： 0043-1354  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 細胞内RNAはストレスを受けた細胞で急速に分解して,細胞外ではDNAより不安定である。その結果,RNAに基づいた方法を環境媒体中の活性細菌成分を研究するのに提案した。本研究の目的は,16S rRNAに基づいたクローンライブラリー分析することで飲料水中の細菌群を同定することであった。中空糸限界濾過を使用して,1か所のユースポイントにおいて夏季の異なる3か月で12回採取した水道水の401サンプルで細菌群落を濃縮した。総RNAを細菌濃縮液から抽出して,16S rRNAベースのクローンライブラリーを開発するのに使用した。1231の16S rRNA遺伝子配列の系統発生解析により,分類困難な細菌配列が最も主要なクローンで,分析した配列の57.6%を占めることを示した。これら不分類クレードの中で,大部分の配列が先のDNAおよびRNAに基づいた飲料水研究で検索した配列と密接に関連した。本研究で明らかにした他の細菌群は,Proteobacteria,Cyanobacteria,Actinobacteria,Bacteroidetes,およびPlanctomycetesであった。総合的に,これら細菌群は共通して飲料水中の潜在的活性細菌であった。増幅クローンの多様性分析により,総合的に多様性は月毎で類似していたが構成は時間により変化することを示した。本研究の結果により飲料水微生物群落の分子多様性および細菌個体群動態の理解を進めることが出来た。さらに,これら結果は活性飲料水細菌を目標にした分子アッセイを開発する配列基盤を提供した。Copyright 2010 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： 微生物汚染 ,  *飲用水 ,  RT-PCR法 ,  菌数計測 ,  *ポピュレーションダイナミックス ,  rRNA ,  遺伝子ライブラリー ,  遺伝学実験技術 ,  ミクロフローラ ,  限外濾過 ,  系統発生 ,  細菌 ,  藍藻類 ,  Eubacterium ,  生物多様性 ,  夏 ,  水道水 ,  水質試験
準シソーラス用語： *16S rRNA ,  Actinobacteria ,  Planctomycetes ,  クローンライブラリー ,  バクテロイデス門 ,  プロテオバクテリア ,  細菌群集 ,  *配列分析

分類 (2件)： 微生物検査法  (EG02020G) ,  水質調査測定一般  (SB02060X)

タイトルに関連する用語 (6件)： rRNA ,  配列分析 ,  飲料水 ,  細菌 ,  個体群 ,  同定