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J-GLOBAL ID：201002285252407372   整理番号：10A0433606

系統発生的マイクロアレイによる糞便DNA抽出法の比較分析:機械的な細胞溶解を用いての細菌及び古細菌DNAの効果的な回収

Comparative analysis of fecal DNA extraction methods with phylogenetic microarray: Effective recovery of bacterial and archaeal DNA using mechanical cell lysis

著者 (9件)： SALONEN Anne (Dep. of Basic Veterinary Sciences, Div. of Microbiology and Epidemiology, Univ. of Helsinki, P.O. Box 66, FI-00014 ...) ,  NIKKILAE Janne (Dep. of Basic Veterinary Sciences, Div. of Microbiology and Epidemiology, Univ. of Helsinki, P.O. Box 66, FI-00014 ...) ,  JALANKA-TUOVINEN Jonna (Dep. of Basic Veterinary Sciences, Div. of Microbiology and Epidemiology, Univ. of Helsinki, P.O. Box 66, FI-00014 ...) ,  IMMONEN Outi (Dep. of Basic Veterinary Sciences, Div. of Microbiology and Epidemiology, Univ. of Helsinki, P.O. Box 66, FI-00014 ...) ,  RAJILIC-STOJANOVIC Mirjana (Lab. of Microbiology, Wageningen Univ., Dreijenplein 10, 6703 HB Wageningen, NLD) ,  KEKKONEN Riina A. (Valio Ltd., R&D, P.O. Box 30, FIN-00039 Helsinki, FIN) ,  PALVA Airi (Dep. of Basic Veterinary Sciences, Div. of Microbiology and Epidemiology, Univ. of Helsinki, P.O. Box 66, FI-00014 ...) ,  DE VOS Willem M. (Dep. of Basic Veterinary Sciences, Div. of Microbiology and Epidemiology, Univ. of Helsinki, P.O. Box 66, FI-00014 ...) ,  DE VOS Willem M. (Lab. of Microbiology, Wageningen Univ., Dreijenplein 10, 6703 HB Wageningen, NLD)
資料名： Journal of Microbiological Methods  (Journal of Microbiological Methods)
巻： 81  号： 2  ページ： 127-134  発行年： 2010年05月 
JST資料番号： H0882A  ISSN： 0167-7012  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 糞便DNA抽出にはいくつかの異なるプロトコルが用いられており,これは多種多様な腸の生態系を特徴づける全ての系統発生的及びメタゲノムアプローチにおける不可欠なステップである。著者らは,4つの広く用いられている方法を比較し,それらのDNA収率が最大で35倍まで異なることを見いだした。細菌,古細菌及びヒトDNAはリアルタイムPCRによって定量し,異なる抽出物の構成分析はヒト腸管チップ(16S rRNA遺伝子に基づく系統発生マイクロアレイ)を用いて行った。全体の微生物叢構成は,方法間では非常に類似し,対照的に被験者間では著しく異なった(ピアソン相関はそれぞれ>0.899,0.735)。機械的及び酵素的方法の詳細な比較分析で,全体的な類似性にもかかわらず,繰り返しのビーズビーティングによる機械的な細胞破壊は最多の細菌多様性を示し,古細菌といくつかの細菌(クロストリジウム属クラスタIVを含む)の有意に改善されたDNA抽出効率をもたらした。機械的破壊法を適用することによって,メタン生成古細菌の高い保有率(67%)が健常被験者で観察され(n=24),これはこれまで報告された標準値を上回った。異なる方法論の性能差の評価は,異なる研究室で得た結果の比較と信頼性あるメタ分析への具体的措置として用いられる。Copyright 2010 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： 分析 ,  DNAマイクロアレイ ,  *抽出 ,  *糞便 ,  回収率 ,  古細菌 ,  細菌 ,  rRNA ,  系統発生 ,  相関係数 ,  メタ分析 ,  ミクロフローラ
準シソーラス用語： 組成分析 ,  *DNA抽出 ,  腸内細菌叢

分類 (1件)： 微生物検査法  (EG02020G)

タイトルに関連する用語 (8件)： 系統発生 ,  マイクロアレイ ,  糞便 ,  DNA抽出 ,  比較分析 ,  細胞溶解 ,  細菌 ,  古細菌DNA