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J-GLOBAL ID：201002286208499827   整理番号：10A0669778

相関変異解析での系統発生的偏りの軽減

Reducing phylogenetic bias in correlated mutation analysis

著者 (3件)： ASHKENAZY Haim (Compugen Ltd, Tel Aviv, ISR) ,  ASHKENAZY Haim (Bar Ilan Univ., Ramat-Gan, ISR) ,  KLIGER Yossef (Compugen Ltd, Tel Aviv, ISR)
資料名： Protein Engineering Design & Selection  (Protein Engineering Design & Selection)
巻： 23  号： 5/6  ページ： 321-326  発行年： 2010年05月 
JST資料番号： T0854A  ISSN： 1741-0126  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質接触マップ予測での相関変異解析で問題となる系統発生的偏りを軽減する方法としてバックグランドノイズを簡単に推定する方法が報告された。この研究では,Pearson相関係数(PCC)計算に基づく予測法にこのノイズ軽減法の適応を試み,1)PCCに基づく方法でのバックグランドシグナルの推定,2)PCCに基づく方法のバックグランドシグナル補正により予測が改善する,3)PCC-ASC(average sum correction:平均合計補正)法は最良のPCCに基づく方法である,4)PCC-ASC法は最良の相関変異解析法である,などの項目で研究を進めた。その結果,この方法では4種の蛋白質構造分類(全α,全β,α+β,α/β)の全てで解析成績が向上し,100配列以上の多重配列アラインメント解析ができる蛋白質では相互情報に基づく方法より優れていた。

シソーラス用語： 系統発生 ,  相関係数 ,  *雑音低減 ,  信号推定 ,  ヘリックス構造 ,  β構造 ,  アミノ酸配列 ,  相同性 ,  *遺伝学実験技術 ,  生物進化 ,  アミノ酸残基 ,  分子進化 ,  数学モデル ,  *突然変異
準シソーラス用語： αヘリックス ,  ノイズ推定 ,  共進化 ,  配列アラインメント ,  *シーケンス解析

分類 (1件)： 遺伝学研究法  (EC01020N)

タイトルに関連する用語 (4件)： 相関 ,  変異解析 ,  系統発生 ,  偏り