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J-GLOBAL ID：201002289064607076   整理番号：10A1132107

溶液中小蛋白質に関するIRアミドI′スペクトルのDFTに基づくシミュレーション 明示と経験的溶媒モデルの比較

DFT-Based Simulations of IR Amide I′ Spectra for a Small Protein in Solution. Comparison of Explicit and Empirical Solvent Models

著者 (3件)： GRAHNEN Johan A. (Univ. Wyoming, Wyoming) ,  AMUNSON Krista E. (Univ. Wyoming, Wyoming) ,  KUBELKA Jan (Univ. Wyoming, Wyoming)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 114  号： 40  ページ： 13011-13020  発行年： 2010年10月14日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 水溶液中蛋白質の構造性質,すなわち二次構造と構造変化を調べるためアミドI′赤外スペクトルは広く使用されている。蛋白質構造と折畳みの主要赤外研究はポリペプチド立体配座に対するユニークな感受性によるアミドIバンドに集中している。実験データ解析には,他の因子,特に溶媒との相互作用から生じるスペクトル特性から主鎖立体配座によるスペクトル特性を分離する必要がある。密度汎関数理論(DFT)に基づいて理論シミュレーションした小さい40残基ヘリックス-ターン-ヘリックス蛋白質に対する溶媒がアミドI′スペクトルに及ぼす効果を調べた。小ヘプタアミド断片から移行することによって蛋白質アミド主鎖に対する振動力の場と密度パラメータを構築した。二種類の水準:同じDFT水準で処理した表面アミド基に対する明示水水素結合と分子動力学シミュレーションと組合せた静電地図アプローチの使用で溶媒をモデル化した。時間平均化近似の使用によって高速溶媒ゆらぎにわたって平均することによるスペクトルバンド形状の運動狭まりを導入した。側鎖信号に対する補正をした二個の¹³C同位体編集スペクトルを含む実測アミドI′とシミュレーションを比較した。両溶媒モデルはアミド主鎖の異なる溶媒和から生じる非対称実測バンド形状と一致した。しかしながら,気相計算は¹³C同位体標識付け効果を最高に捉えた。蛋白質アミド振動スペクトルシミュレーションに関する溶媒モデルの限界と意味合いを考察した。

シソーラス用語： 二次構造 ,  *DNA結合タンパク質 ,  ポリペプチド ,  *立体配座 ,  アミノ酸残基 ,  *溶媒効果 ,  C-N結合 ,  力の場 ,  水素結合 ,  ゆらぎ ,  炭素同位体 ,  標識法 ,  振動スペクトル ,  赤外スペクトル ,  *スペクトルシミュレーション ,  スペクトル線形 ,  溶媒和 ,  密度汎関数法 ,  基底関数系 ,  計算機シミュレーション ,  分子動力学 ,  水溶液 ,  データ解析 ,  構造特性
準シソーラス用語： アミド結合 ,  構造性質 ,  蛋白質立体配座 ,  標識付け ,  分子動力学シミュレーション ,  密度汎関数理論 ,  ヘリックス-ターン-ヘリックスモチーフ

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  有機化合物の赤外スペクトル及びRaman散乱,Ramanスペクトル  (BM08064T)

タイトルに関連する用語 (10件)： 溶液 ,  蛋白質 ,  Ir ,  アミド ,  スペクトル ,  DFT ,  シミュレーション ,  経験 ,  溶媒 ,  モデル