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J-GLOBAL ID：201002289663087340   整理番号：10A0553474

Tfold 非コードRNAの二次構造の効率よいin silicoでの予想

Tfold: efficient in silico prediction of non-coding RNA secondary structures

著者 (2件)： ENGELEN Stefan (Univ. Evry/Genopole, Evry, FRA) ,  TAHI Fariza (Univ. Evry/Genopole, Evry, FRA)
資料名： Nucleic Acids Research  (Nucleic Acids Research)
巻： 38  号： 7  ページ： 2453-2466  発行年： 2010年 
JST資料番号： D0242C  ISSN： 0305-1048  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 非コードRNAの二次構造を予想するためのTfoldと呼ばれるアルゴリズムを提唱する。Tfoldは二次構造を探す一つのRNA配列や整列化した相同配列のセットを入力として受け付ける。それは,ステムやシュードノットを探すために安定性,保存性,そして共変動の基準を併用する。Tfoldは使用者により二次構造に属すると考えられる1つまたはいくつかのステムを考慮できる。Tfoldは競合するステムが見つかった時,幾つかの構造を返答できる。開発したソフトウェアはhttp://tfold.ibisc.univ-evry.fr/TFoldで利用可能である。

シソーラス用語： *二次構造 ,  予測技法 ,  *アルゴリズム ,  ヌクレオチド配列 ,  数学モデル ,  ソフトウェア ,  インタフェイス ,  RNA【核酸】 ,  相関
準シソーラス用語： *予測アルゴリズム

分類 (1件)： 数値計算  (JE02000J)

タイトルに関連する用語 (3件)： 非コードRNA ,  二次構造 ,  予想