蛋白質フォールディングシミュレーションにおける挑戦

FREDDOLINO Peter L.; HARRISON Christopher B.; LIU Yanxin; SCHULTEN Klaus

文献

J-GLOBAL ID：201002293700138151 整理番号：10A1087000

蛋白質フォールディングシミュレーションにおける挑戦

Challenges in protein-folding simulations

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著者 (4件)： , , ,
資料名：
巻： 6 号： 10 ページ： 751-758 発行年： 2010年10月
JST資料番号： W2060A ISSN： 1745-2473 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：文献レビュー発行国：イギリス (GBR) 言語：英語 (EN)

蛋白質フォールディングの実験研究は,充分な高時間分解能においても低分解能の構造データのみしか得られないことから,その成果は上がっていない。これを補足する方法として,分子動力学シミュレーションがある。このシミュレーション法はフォールディングプロセスに関して充分な高分解能時空データを提供するが,いくつかの点でその利用は限られている。すなわち,分子動力学’力場’は蛋白質の真のポテンシャルエネルギー面を完全には再現できないこと,多くの蛋白質のフォールディングに関してミリ秒時間スケールまで拡大する必要があること,それから,充分なサンプリングが困難であること,の3つの問題点を挙げることができる。本総説論文では,これら3つの点を改善した共通モデル系のシミュレーションに関する最近の動向を概説する。1)蛋白質フォールディングの長時間スケールシミュレーション,2)蛋白質フォールディングシミュレーションにおける挑戦,3)時間スケールとデータ解析,4)力場の開発,の項目ごとに順次解説し,最後に今後の展望についても述べた。

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分子構造 , 分子・遺伝情報処理

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