全球化学輸送モデル(GEOS-Chem)において計算効率を向上するための一般的な並列化法

PARK Rokjin J.; YOUN Daeok; YOO Sung Hoon; HAN Dong Seok; KANG Boo Joong; IM Eul Gyu

文献

J-GLOBAL ID：201002296650103946 整理番号：10A0901716

全球化学輸送モデル(GEOS-Chem)において計算効率を向上するための一般的な並列化法

A general parallelization approach to improve computation efficiency in a global chemical transport model (GEOS-Chem)

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著者 (6件)： , , , , ,
資料名：
巻： 44 号： 4 ページ： 323-329 発行年： 2010年
JST資料番号： S0495A ISSN： 0016-7002 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：短報発行国：日本 (JPN) 言語：英語 (EN)

システムの処理能力の増加にも関わらず,逐次プログラムでは対応する性能向上の達成に限度がある。逐次プログラムの並列化は,計算可能性を活用し全体の実行消費を減少することができる。しかし,大変大きな古いプログラムの並列化には非常な難題が生じる。なぜなら,1)プログラムの以前のデザインは並列化を考慮していない,2)大規模なプログラムは数十年もの長期間かかって開発されてきた,3)プログラムのディベロッパの中にはもはや利用できないものがあるからである。大気科学分野では多くのこのような古いプログラムがあり,ハーバード大学において開発されたGEOS-Chemモデルはその一例である。本論文では,大きな古いプログラムに容易に適用できるMPI並列化の簡易な手順を提唱する。すでにOpenMP法のみを用いて並列化されているGEOS-Chemモデルに対してこの方法を適用する。本研究のテストの結果は,プログラムの小さな部分を並列化することにより優れた性能向上を得られることを示す。(翻訳著者抄録)

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対流圏・成層圏の地球化学

引用文献 (11件)：

AMDAHL, G. The validity of the single processor approach to achieving large scale computing capabilities. 1967AFIPS Spring Joint Computer Conference (AFIPS '67), Atlantic City, New Jersey. 1967, 483-485
ANDERSON, J. M. Continuous profiling : where have all the cycles gone?. ACM Transaction on Computer Systems J. 1997, 15, 357-390
BOWMAN, K. Parallelization of GEOS-Chem on a 1024-node Linux cluster based on MPI. 2nd GEOS-Chem Users' Meeting, Cambridge, Massachusetts, 2005. 2005
GRAHAM, S. L. Gprof : a call graph execution profiler. SIGPLAN Notices. 1982, 39, 49-57
Harvard Atmospheric Chemistry Modeling Group. The GEOS-Chem model. http://acmg.seas.harvard.edu/geos/index.html. 2009

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