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J-GLOBAL ID：201002297341961500   整理番号：10A0850636

ゲノム規模での短配列オリゴヌクレオチドアレイを用いたコピー数変化分析の最適化

Optimizing copy number variation analysis using genome-wide short sequence oligonucleotide arrays

著者 (6件)： OLDRIDGE Derek A. (Weill Cornell Medical Coll., NY) ,  BANERJEE Samprit (Weill Cornell Medical Coll., NY) ,  SETLUR Sunita R. (Harvard Medical School, MA) ,  SBONER Andrea (Yale Univ., CT) ,  DEMICHELIS Francesca (Weill Cornell Medical Coll., NY) ,  DEMICHELIS Francesca (Weill Cornell Medical Coll., NY, USA)
資料名： Nucleic Acids Research  (Nucleic Acids Research)
巻： 38  号： 10  ページ： 3275-3286  発行年： 2010年 
JST資料番号： D0242C  ISSN： 0305-1048  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： コピー数変化(CNV)検出に対し42のHapMapサンプルを評価することにより,短配列オリゴヌクレオチドアレイを用いたときのその影響を評価した。CNVの検出に用いられた異なる参照モデルがプラットフォーム間の不一致の主な原因であり,セグメント重複領域内のCNVは検出が困難であることを示した。Agilent実験計画法を模倣するためAffymetrixデータを調節後,CNV検出に対し異なる感度および特異性を評価した。今回の結果は全てのアレイベースのCNV研究に対し適しており,研究目的に基づいて性能を最適化するためのガイドラインを与える。

シソーラス用語： *ゲノム ,  *センサアレイ ,  *バイオセンサ ,  *分子ハイブリダイゼーション ,  *コピー数 ,  最適化 ,  プロジェクト ,  実験計画法 ,  感度 ,  性質
準シソーラス用語： HapMapプロジェクト ,  *オリゴヌクレオチドアレイ ,  特異性

分類 (3件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  数理計画法  (KA03030M)

タイトルに関連する用語 (6件)： ゲノム ,  規模 ,  オリゴヌクレオチドアレイ ,  コピー数 ,  分析 ,  最適化