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J-GLOBAL ID：201002299051095632   整理番号：10A0657032

質量分析によるカルボニル化ペプチドの改良プロテオーム解析のための標的180-標識付け

Targeted ¹⁸O-Labeling for Improved Proteomic Analysis of Carbonylated Peptides by Mass Spectrometry

著者 (4件)： ROE Mikel R. (Dep. of Biochemistry, Molecular Biology, and Biophysics, Univ. of Minnesota, Minneapolis, MN, USA) ,  MCGOWAN Thomas F. (Center for Mass Spectrometry and Proteomics, Univ. of Minnesota, Minneapolis, MN, USA) ,  THOMPSON Ladora V. (Dep. of Physical Medicine and Rehabilitation, Univ. of Minnesota, Minneapolis, MN, USA) ,  GRIFFIN Timothy J. (Dep. of Biochemistry, Molecular Biology, and Biophysics, Univ. of Minnesota, Minneapolis, MN, USA)
資料名： Journal of the American Society for Mass Spectrometry  (Journal of the American Society for Mass Spectrometry)
巻： 21  号： 7  ページ： 1190-1203  発行年： 2010年07月 
JST資料番号： W0174A  ISSN： 1044-0305  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： カルボニル化アミノ酸のプロテオーム特性評価は,タンデム質量スペクトル(MS²)の配列データベース内のペプチドとの独断的なマッチングを現在は頼みにしている。ある程度有効であるが,この手法を用いたカルボニル化ペプチドの信頼し得るプロテオーム特性評価は,新しい,補足的な解決を必要とする挑戦として残っている。このために,カルボニル化ペプチドの質量スペクトル中で独特の同位体しるしを生じ,MS²スペクトルのペプチド配列へのマッチングを頼りとせずにそれらの検出が可能な,反応性カルボニル改質の部分的な180-標識付けに基づく方法を開発した。我々の方法のキーは,ペプチドC-末端での180のトリプシン-触媒化組み込みの排除のため,および脂質クロマトグラフィー分離中でのその損失を避けるためのカルボニル改質内での組み込まれた180を安定化するための最適化された測定であった。カルボニル改質4-ヒドロキシノネナール(4-HNE)で処理されたラット骨格筋肉ホモジネートへ我々の方法を適用し,複雑な混合物からのカルボニル化ペプチドの固相ヒドラジド富化とのその適合性を示した。さらに,配列データベース検索によって合致したHNE-改質ペプチド配列を確認し,MS²および/あるいは配列データベース検索によって取り逃した改質ペプチドを同定するための180同位体サインの値を示した。我々の180-標識付け法をカスタマイズされた自動ソフトウェアスクリプトと組み合わせて,HNE-改質ペプチドを同定するためのMS²および配列データベース検索の効率をはじめて系統的に評価した。半分未満のMS²に対して選択された改質ペプチドがうまく同定されると算出された。ひとまとめにして,我々の方法およびソフトウエアは,質量分析-ベースプロテオミクスによりたんぱく質カルボニル化を研究している研究者に対する貴重な新しいツールを提供するであろう。Copyright 2010 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *質量分析 ,  *カルボニル化 ,  *ペプチド ,  *解析 ,  *標識法 ,  タンデム質量分析 ,  クロマトグラフィー ,  分離 ,  懸濁液 ,  ラット ,  筋肉 ,  プロテオミクス ,  ソフトウェア
準シソーラス用語： *プロテオーム解析 ,  ホモジネート

分類 (2件)： 有機化合物の物理分析  (CC03034A) ,  分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (6件)： 質量分析 ,  カルボニル化 ,  ペプチド ,  プロテオーム解析 ,  標的 ,  標識付け