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J-GLOBAL ID：201002299678027020   整理番号：10A0162481

細胞の込み合った内部がどのようにしてDNA/DNAおよびDNA/RNAハイブリッドを安定化させるかについての理解 in silicoでの予測とin vitroでの証拠

Understanding how the crowded interior of cells stabilizes DNA/DNA and DNA/RNA hybrids-in silico predictions and in vitro evidence

著者 (8件)： HARVE Karthik S. (National Univ. Singapore, Singapore) ,  HARVE Karthik S. (Singapore-MIT Alliance, Singapore) ,  LAREU Ricky (National Univ. Singapore, Singapore) ,  LAREU Ricky (NUS Tissue Engineering Program) ,  LAREU Ricky (Univ. Western Australia) ,  RAJAGOPALAN Raj (Singapore-MIT Alliance, Singapore) ,  RAJAGOPALAN Raj (National Univ. Singapore, Singapore) ,  RAGHUNATH Michael (National Univ. Singapore, Singapore)
資料名： Nucleic Acids Research  (Nucleic Acids Research)
巻： 38  号： 1  ページ： 172-181  発行年： 2010年 
JST資料番号： D0242C  ISSN： 0305-1048  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： in vivoにおけるDNAの増幅は高分子クラウディング(MMC)条件下の細胞内環境において起こるが,in vitr oでのPCRは込み合ってはおらず,DNA鎖の解離,プライマーとテンプレートのハイブリッド形成およびプライマー伸長の ための温度サイクルを必要とする。プライマーのアニーリングと伸長の至適温度は大きく異なっており,伸長過程でプライマーがテンプレートから解離してPCR効率が低下する。本研究では,in silicoとin vitroを組み合わせたアプローチにより,MMCのin vivoにおけるDNA伸長とPCRにおけるヌクレオチドハイブリッドの安定化における役割について検討した。新しい原子論的な分子動力学シミュレーションにより,MMCは相補的ヌクレオチド間の水素結合を安定化することが明らかになった。MMC条件でのリアルタイムPCRにより,相補的DNA-DNAおよびDNA-RNAハイブリッドの融点は,伸長後に高い特異性と高い二本鎖保存性で8°Cまで上昇することが確認された。MMCはDNAハイブリッド-ヘリシティを亢進し,ヘアーピン形成性DNA一本鎖を含むマッチング対ミスマッチ配列を選択する二本鎖形成の特異性を駆動させることが分かった。

シソーラス用語： *DNA【核酸】 ,  *雑種 ,  *安定化作用 ,  RNA【核酸】 ,  *こみあい効果 ,  計算機シミュレーション ,  PCR法 ,  水素結合 ,  リアルタイムPCR法
準シソーラス用語： *二本鎖DNA ,  *ハイブリッド ,  分子動力学シミュレーション ,  実時間PCR法

分類 (2件)： 核酸一般  (EB04010U) ,  情報処理一般  (JE15010U)

タイトルに関連する用語 (7件)： 細胞 ,  DNA ,  RNA ,  安定化 ,  理解 ,  予測 ,  証拠