特許
J-GLOBAL ID：201003014216482821
タンパク質立体構造予測法
発明者：
出願人/特許権者：
代理人 (3件)：
山田 卓二
, 田中 光雄
, 川端 純市
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2008-307164
公開番号（公開出願番号）：特開2010-134514
出願日： 2008年12月02日
公開日（公表日）： 2010年06月17日
要約：
【課題】タンパク質の立体構造予測を行うときに構造を予測するタンパク質の配列から計算されるすべての長さ、すべての位置の配列断片のエントロピーを利用して、どの配列断片から構造最適化する方法を提供する。【解決手段】配列断片のうち短いものを長いものよりも優先して構造最適化し、同じ長さの配列断片の最適化では、エントロピーの小さいものから順次最適化し、かつそのときにより後に最適化される配列断片は、より前に最適化された断片の部分を含めてエネルギー最適化するようにしてスケジューリングし、各断片の最適化においては、断片中の全残基対の平均力場ポテンシャルの和と両端にCOとNHを加え、全残基がグリシンであると仮定した場合の断片中の全原子間の分子動力学的なポテンシャルの和を総エネルギーとしてこれを最少化するように構造を最適化するようにすることで、構造予測を行う。【選択図】図1
請求項（抜粋）：
タンパク質の立体構造を予測するタンパク質立体構造予測法において、立体構造を予測しようとするタンパク質の配列全体の中のすべての配列断片の配列依存エントロピーを算出し、その配列依存エントロピーの大小関係によって、各配列断片に対応する構造断片の構造を予測し又は最適化する順序と、周辺の配列をどのように考慮にいれるかの条件とをスケジューリングすることを特徴とするタンパク質立体構造予測法。
IPC (3件)：
G06F 19/00
, C07K 14/00
, G01N 33/68
G06F19/00 600
, C07K14/00
, G01N33/68
2G045DA35
, 2G045DA36
, 2G045FA40
, 2G045GC30
, 2G045JA01
, 4H045AA10
, 4H045AA30
, 4H045AA40
