特許
J-GLOBAL ID：201003066367832190

立体構造データ帰属方法、立体構造データ帰属プログラム及び立体構造データ帰属装置

発明者：
池田 修己

池田 修己 について

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池田 有理

池田 有理 について

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諏訪 牧子

諏訪 牧子 について

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矢葺 幸光

矢葺 幸光 について


出願人/特許権者：
独立行政法人産業技術総合研究所

独立行政法人産業技術総合研究所 について

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株式会社情報数理研究所

株式会社情報数理研究所 について


代理人 (3件)： 平木 祐輔 ,  石井 貞次 ,  藤田 節
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2009-007535
公開番号（公開出願番号）：特開2010-165216
出願日： 2009年01月16日
公開日（公表日）： 2010年07月29日
要約：
【課題】タンパク質等の生体高分子に関する立体構造データを格納したデータベースと配列情報を格納したデータベースとを正確に統合し、立体構造データを配列情報に正確に帰属させる。【解決手段】少なくともタンパク質の立体構造データと当該立体構造データを取得する際に使用した改変アミノ酸配列情報とが関連付けられたデータセットを有する第2のデータベースから読み出したデータセットに含まれる改変アミノ酸配列情報と改変に関する情報と用い、改変前のアミノ酸配列情報を作成し、上記改変前のアミノ酸配列情報をキーとして、少なくともタンパク質のアミノ酸配列情報と生物種情報とが関連付けられたデータセットを有する第1のデータベースに含まれるデータセットを検索し、第1のデータベースに含まれるアミノ酸配列情報が改変前のアミノ酸配列情報に対して所定の値以上の同一性を示し且つ第1のデータベースに含まれる生物種情報が改変前のアミノ酸配列情報に関する生物種情報と一致するデータセットを特定する。【選択図】図2
請求項（抜粋）：
記憶部と処理部と通信部とを備え、少なくともタンパク質のアミノ酸配列情報と生物種情報とが関連付けられたデータセットを有する第1のデータベースと、少なくともタンパク質の立体構造データと当該立体構造データを取得する際に使用した改変アミノ酸配列情報とが関連付けられたデータセットを有する第2のデータベースとに対してアクセス可能なコンピュータに、 上記第2のデータベースから上記通信部により読み出したデータセットに含まれる改変アミノ酸配列情報と改変に関する情報とを用い、上記処理部が改変前のアミノ酸配列情報を作成する工程aと、 上記改変前のアミノ酸配列情報をキーとして上記第1のデータベースに含まれるデータセットを上記処理部が検索し、上記第1のデータベースに含まれるアミノ酸配列情報が上記改変前のアミノ酸配列情報に対して所定の値以上の同一性を示し且つ上記第1のデータベースに含まれる生物種情報が上記改変前のアミノ酸配列情報に関する生物種情報に一致するデータセットを上記処理部が特定する工程bとを実行させる、立体構造データ帰属方法。
IPC (2件)：
G06F 19/00 ,  G06F 17/30
FI (3件)：
G06F19/00 600 ,  G06F19/00 ,  G06F17/30 170F
Fターム (2件)：
5B075ND03 ,  5B075UU19
引用特許：
出願人引用 (1件) 審査官引用 (1件)
引用文献：
出願人引用 (3件)
  • SSMap: A new UniProt-PDB mapping resource for the curation of structural-related information in the
  • PDBSprotEC: a Web-accessible database linking PDB chains to EC numbers via SwissProt
  • Seq2Struct: a resource for establishing sequence-structure links
審査官引用 (3件)
  • SSMap: A new UniProt-PDB mapping resource for the curation of structural-related information in the
  • PDBSprotEC: a Web-accessible database linking PDB chains to EC numbers via SwissProt
  • Seq2Struct: a resource for establishing sequence-structure links

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