研究者
J-GLOBAL ID:201101057215056943   更新日: 2024年03月03日

松田 秀雄

マツダ ヒデオ | Matsuda Hideo
所属機関・部署:
職名: 教授
ホームページURL (1件): http://www.ist.osaka-u.ac.jp/japanese/introduction/professors/bioinformatic-engineering/genome-information-engineering/hideo-matsuda.html
研究分野 (1件): 生命、健康、医療情報学
研究キーワード (3件): バイオインフォマティクス ,  ゲノム情報解析 ,  遺伝子ネットワーク
競争的資金等の研究課題 (38件):
  • 2021 - 2024 情報量基準に基づく細胞アトラスからの細胞系譜の推定手法の開発
  • 2020 - 2022 炎症進行過程の解明のための1細胞トランスクリプトームデータの統合解析手法の開発
  • 2018 - 2022 ベイジアンネットワークによる遺伝子制御予測に基づく細胞多様性の解析手法の開発
  • 2019 - 2021 情報量基準に基づく細胞集団の多重分類・比較方式の開発と細胞アトラスへの応用
  • 2015 - 2021 動く1細胞の「意思」を読み取るin vivo網羅的動態・発現解析法の開発
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論文 (190件):
  • Keigo Masuda, Yoshiaki Sota, Hideo Matsuda. Accurate Detection of Fusion Genes in Long-Read Transcriptome Datasets from Multiple Cancer Cell Lines. Proceedings of the 2024 14th International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics. 2024. 7-13
  • Keigo Masuda, Yoshiaki Sota, Hideo Matsuda. Detecting Fusion Genes in Long-Read Transcriptome Sequencing Data with FUGAREC. IPSJ Transactions on Bioinformatics. 2024. 17. 1-9
  • Kazufumi Hosoda, Shigeto Seno, Naomi Murakami, Hideo Matsuda, Yutaka Osada, Rikuto Kamiura, Michio Kondoh. Synthetic model ecosystem of 12 cryopreservable microbial species allowing for a noninvasive approach. Bio Systems. 2023. 235. 105087-105087
  • 長村徹, 瀬尾茂人, 藤本健二, 繁田浩功, 松田秀雄. 動画像シミュレータを介した強化学習による 細胞追跡手法. 情報処理学会論文誌 数理モデル化と応用. 2023. 16. 2. 11-22
  • Toru Nagamura, Shigeto Seno, Hironori Shigeta, Tomohiro Mashita, Hideo Matsuda. Cell Tracking via Reinforcement Learning with Microscopic Image Simulator. Proceedings of the 2023 13th International Conference on Biomedical Engineering and Technology. 2023. 16-22
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MISC (151件):
  • 川原崎 聡子, 瀬尾 茂人, 岡松 優子, 高橋 春弥, 野村 亘, 神戸 大朋, 木村 和弘, 斉藤 昌之, 松田 秀雄, 井上 和生, et al. UCP1レポーター脂肪細胞株を用いたβ-アドレナリンシグナル調節遺伝子の探索. 日本栄養・食糧学会大会講演要旨集. 2023. 77回. 267-267
  • 川原崎 聡子, 瀬尾 茂人, 岡松 優子, 高橋 春弥, 野村 亘, 神戸 大朋, 木村 和弘, 斉藤 昌之, 松田 秀雄, 井上 和生, et al. レポーター脂肪細胞株を用いたβ-アドレナリン刺激応答性UCP1発現誘導調節遺伝子の探索. 肥満研究. 2022. 28. Suppl. 318-318
  • Sohta Nishida, Junko Yoshida, Shigeto Seno, Kyoji Horie, Hideo Matsuda. A clustering method based on cell type identification for single-cell RNA-seq data. The Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2022). 2022
  • 川原崎 聡子, 瀬尾 茂人, 鄭 惠芬, 高橋 春弥, 野村 亘, 神戸 大朋, 松田 秀雄, 井上 和生, 河田 照雄, 後藤 剛. レポーター前駆脂肪細胞株を用いた新規UCP1発現調節遺伝子の探索. 肥満研究. 2022. 27. Suppl. 338-338
  • Toshiya Tanaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda. Feature selection with VAE for scRNA-seq analysis. The Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology / the European Conference on Computational Biology ISMB/ECCB 2021. 2021
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特許 (2件):
書籍 (3件):
  • Transcription Factor Regulatory Networks: Methods and Protocols
    Humana Press, Springer Science+Business Media 2014 ISBN:9781493908042
  • バイオインフォマティクス事典
    共立出版 2006
  • Genome Informatics Vol.12
    Universal Academy Press 2001
講演・口頭発表等 (3件):
  • Large-Scale Gene Regulatory Network Analysis for Adipocyte Differentiation on High-Performance Computer
    (The 23rd International Conference on Genome Informatics (GIW2012) 2012)
  • Reconstruction of Gene Regulatory Networks for Drug Target Discovery
    (The 3rd National Seminar and Workshop on Computer Aided-Drug Design: Virtual Screening (CADD2010) 2010)
  • Inference of Gene Regulatory Network for Cell Differentiations
    (The Korean Society for Bioinformatics and Systems Biology (KSBSB) Summer School 2010 2010)
学歴 (3件):
  • 1984 - 1987 神戸大学 大学院自然科学研究科 システム科学専攻
  • 1982 - 1984 神戸大学 大学院工学研究科 システム工学専攻
  • 1978 - 1982 神戸大学 理学部 物理学科
学位 (1件):
  • 学術博士 (神戸大学)
経歴 (6件):
  • 2002/04 - 現在 大阪大学 大学院情報科学研究科 バイオ情報工学専攻 教授
  • 2022/04 - 2023/03 京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 客員教授
  • 1994/10 - 2002/03 大阪大学 基礎工学部 情報科学科 助教授
  • 1994/04 - 1994/09 神戸大学 工学部 情報知能工学科 助教授
  • 1990/02 - 1994/03 神戸大学 工学部 システム工学科 講師
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委員歴 (5件):
  • 2023/04 - 現在 特定非営利活動法人日本バイオインフォマティクス学会 理事
  • 2017/10 - 現在 科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター基盤技術分科会 主査
  • 2013/05 - 現在 東洋紡バイオテクノロジー研究財団 評議員
  • 2011/10 - 現在 科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター 運営委員
  • 2019/04 - 2022/03 特定非営利活動法人日本バイオインフォマティクス学会 理事
受賞 (6件):
  • 2021/03 - 日本農芸化学会 BBB論文賞 Long non-coding RNA 2310069B03Rik functions as a suppressor of Ucp1 expression under prolonged cold exposure in murine beige adipocytes
  • 2014/09 - 情報処理学会 シニア会員
  • 2014/06 - 情報処理学会 論文賞 A method for isoform prediction from RNA-Seq data by iterative mapping
  • 2012/01 - Asia-Pacific Bioinformatics Conference 2012 Best Paper Award
  • 2004/09 - 情報科学技術フォーラム 論文賞 遺伝子の機能分類を利用した遺伝子制御ネットワーク推定手法
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所属学会 (1件):
日本バイオインフォマティクス学会
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