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J-GLOBAL ID：201102205492162281   整理番号：11A0170647

siRNA撹乱とdeepCAGEを用いた転写調節ネットワークを認識するプロモーターの樹立

Building promoter aware transcriptional regulatory networks using siRNA perturbation and deepCAGE

著者 (11件)： VITEZIC Morana (RIKEN, Yokohama, JPN) ,  VITEZIC Morana (Karolinska Inst., Stockholm, SWE) ,  LASSMANN Timo (RIKEN, Yokohama, JPN) ,  FORREST Alistair R.R. (RIKEN, Yokohama, JPN) ,  SUZUKI Masanori (RIKEN, Yokohama, JPN) ,  TOMARU Yasuhiro (RIKEN, Yokohama, JPN) ,  KAWAI Jun (RIKEN, Yokohama, JPN) ,  CARNINCI Piero (RIKEN, Yokohama, JPN) ,  SUZUKI Harukazu (RIKEN, Yokohama, JPN) ,  HAYASHIZAKI Yoshihide (RIKEN, Yokohama, JPN) ,  DAUB Carsten O. (RIKEN, Yokohama, JPN)
資料名： Nucleic Acids Research  (Nucleic Acids Research)
巻： 38  号： 22  ページ： 8141-8148  発行年： 2010年 
JST資料番号： D0242C  ISSN： 0305-1048  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ヒト単球白血病THP-1細胞株において4つの転写因子PU.1,IRF8,MYBそしてSP1を個々にノックダウンし,Cap Analysis of Gene Expressionに基づく大規模塩基配列決定法を用いて個々の転写開始部位のゲノムに渡る転写反応をプロファイリングした。反応する転写開始部位の近位プロモーター領域から,新規の結合部位モチーフを引き出し,それらの生物機能を特性化し,ネットワークを構築した。以前記述されていたPU.1とIRF8に関する複合モチーフが,何れかの因子のノックダウンに際した重複する一群の転写反応を説明することを見いだした。

シソーラス用語： siRNA ,  *調節遺伝子 ,  プロモーター領域 ,  THP-1細胞 ,  *ヌクレオチド ,  転写因子 ,  プロトオンコジーン ,  DNAマイクロアレイ ,  遺伝子ライブラリー
準シソーラス用語： *遺伝子調節ネットワーク ,  *転写開始点 ,  PU.1 ,  IRF-8 ,  Sp1 ,  myb遺伝子

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (4件)： siRNA ,  撹乱 ,  転写調節ネットワーク ,  プロモーター