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J-GLOBAL ID：201102207726424288   整理番号：11A1828489

深海底堆積物からのDNA抽出:新しい極低温粉砕機ベースの手順と既存プロトコルとの比較

DNA extractions from deep subseafloor sediments: Novel cryogenic-mill-based procedure and comparison to existing protocols

著者 (6件)： ALAIN Karine ,  CALLAC Nolwenn ,  CIOBANU Maria-cristina ,  REYNAUD Yann ,  DUTHOIT Frederique ,  JEBBAR Mohamed
資料名： Journal of Microbiological Methods  (Journal of Microbiological Methods)
巻： 87  号： 3  ページ： 355-362  発行年： 2011年12月 
JST資料番号： H0882A  ISSN： 0167-7012  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 深海底堆積物からのDNA抽出は,深海堆積物でしばしば遭遇する堆積物タイプの複雑さ,低いバイオマス,休息構造(胞子,シスト),および酵素阻害剤の潜在的存在があるので挑戦的である。細胞溶解効率に対する有望な結果は,最近極低温粉砕機を用いて得られた(Lippら,2008)。この知見は,このツールを用いたDNA抽出プロトコルを我々に考案させた。液体窒素中の粉砕(各種処理時間および振動数)と各種化学溶液(フェノール,クロロホルム,SDS,サルコシル,プロテイナーゼ,GTC)或いはDNA回収キット(MagExtractor)との併用を含む13種の手順を比較した。有効なDNA抽出を,細胞溶解効率,DNA抽出効率,DNA収量および原核生物多様性で評価した。結果は標準プロトコール:土壌に対するFastDNA SPINキットおよびZhouプロトコール,のものと比較した。殆どの堆積物タイプに対し,直接フェノール-クロロホルム抽出と組み合わせた低い振動数での低温粉砕機での粉砕は,古典的手順を用いた場合より遙かに高いDNA収量を与えた。一般に(粘度に富む堆積物は例外),この手順は1.1x10⁶細胞/cm³という低い細胞数から,直接下流ネステッドPCRに対し良質の粗抽出物を提供した。この手順は簡単で,迅速で,安価であり,各種実験目的のための大規模DNA抽出に対し些細な改変で利用できる。Copyright 2011 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： 海底堆積物 ,  *深海堆積物 ,  *抽出 ,  処理 ,  時間依存性 ,  溶媒効果 ,  界面活性剤 ,  プロテイナーゼ ,  PCR法 ,  粉砕 ,  粉砕機
準シソーラス用語： *DNA抽出 ,  海洋堆積物 ,  機械的粉砕 ,  *深海底堆積物 ,  低温処理

分類 (2件)： 核酸一般  (EB04010U) ,  生化学的分析法  (EA03030G)

タイトルに関連する用語 (6件)： 深海底堆積物 ,  DNA抽出 ,  極低温 ,  粉砕機 ,  手順 ,  プロトコル