文献

J-GLOBAL ID：201102213454575460   整理番号：11A1634480

トランスポゾン挿入及びGatewayテクノロジーの組合せを用いてプールされているcDNAクローンの配列を決定するための速くて最も費用に対して効率の良い方法

A rapid and cost-effective method for sequencing pooled cDNA clones by using a combination of transposon insertion and Gateway technology

著者 (8件)： MOROZUMI Takeya (Animal Genome Res. Program, Tsukuba, JPN) ,  MOROZUMI Takeya (Inst. Soc. Techno-innovation of Agriculture, Forestry and Fisheries, Tsukuba, JPN) ,  TOKI Daisuke (Animal Genome Res. Program, Tsukuba, JPN) ,  TOKI Daisuke (Inst. Soc. Techno-innovation of Agriculture, Forestry and Fisheries, Tsukuba, JPN) ,  EGUCHI-OGAWA Tomoko (Animal Genome Res. Program, Tsukuba, JPN) ,  EGUCHI-OGAWA Tomoko (National Inst. Agrobiological Sci., Tsukuba, JPN) ,  UENISHI Hirohide (Animal Genome Res. Program, Tsukuba, JPN) ,  UENISHI Hirohide (National Inst. Agrobiological Sci., Tsukuba, JPN)
資料名： BioTechniques  (BioTechniques)
巻： 51  号： 3  ページ： 195-197  発行年： 2011年09月 
JST資料番号： C0930C  ISSN： 0736-6205  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 既報にてトランスポゾン挿入前にプラスミドをプールすることで配列プロジェクトのコストを削減し,ベクター配列に挿入したトランスポゾン含有ショットガンクローンをGatewayテクノロジーで除去できること,を証明した。本報にて,プール化プラスミドDNA及びGatewayテクノロジーによるトランスポゾン挿入cDNA配列の転位を利用するcDNA配列決定法の有用性を示した。オリゴキャップ法で構築し,発現配列タッグ分析へ供したブタのcDNAをGateway適合pCMVFL3ベクター内へクローン化し,既法で調製した12プラスミドDNAをプールし,EZ-Tn5<KAN2>挿入キットでトランスポゾン挿入へ供した例を示した。1クローン当り192トランスポゾンショットガン(TPS)配列を挿入したクローンを調製し,第2集合段階での読みの数をTPS配列決定の結果からcDNA再構築に用いた計算機分析操作のチャート図を提示した。また,12cDNAクローン含有20cDNAプール(全体で240cDNAクローン)を用いてcDNAクローンに対して特異的に配列したTPS配列決定読み数の分布の結果も提示した。提示の結果から,本法はcDNA配列再構築に不適当なショットガンクローン数を少なくし,配列決定プロジェクトにてコスト削減が可能な方法であった。

シソーラス用語： *遺伝学実験技術 ,  *ヌクレオチド配列 ,  *トランスポゾン ,  *cDNA ,  クローン ,  遺伝子クローニング ,  経済性 ,  自動化 ,  DNA【核酸】 ,  ブタ ,  ベクター ,  プラスミド ,  分析キット ,  計算機プログラム
準シソーラス用語： cDNAクローン配列決定法 ,  EZ-Tn5<KAN2>挿入キット ,  Gatewayテクノロジー ,  pCMVFL3ベクター ,  トランスポゾンショットガンクローン配列決定法

分類 (3件)： 動物の生化学  (EJ01050P) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： トランスポゾン ,  テクノロジー ,  組合せ ,  cDNAクローン ,  費用