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J-GLOBAL ID：201102218291515857   整理番号：11A1913150

蛋白質(FIP35)折畳み動力学の自由エネルギー景観解析

The Free Energy Landscape Analysis of Protein (FIP35) Folding Dynamics

著者 (1件)： KRIVOV Sergei V. (Leeds Univ., Leeds, GBR)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 115  号： 42  ページ： 12315-12324  発行年： 2011年10月27日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質折畳みと他の複雑反応の解析における基本問題は反応の自由エネルギー景観を決定することにある。最新の実験技法はこのような景観を構築するのに必要な空間分解能と時間分解能を欠いている。景観の性質は唯一間接的に調べることができる。シミュレーションが実験上の動力学を再現することを仮定して,シミュレーションは必要な空間分解能と時間分解能を提供できる。定量的に正確な自由エネルギー景観を直接厳密に構築することについて唯一の方法を論証できる。ここでは,ShawらがScience 2010,330,341~346で報告したFIP35蛋白質の平衡折畳みシミュレーションからこのような景観を構築した。自由エネルギー景観上の拡散として動力学を正確に記述するため,反応座標の選択は重要である。ここで用いた反応座標はその結果その上に投影した動力学が拡散的であり,その結果記述は因果関係があり,正確である。得た景観はShawらの結果と極めて異なるシミュレーションの代替解釈を示唆した。特に,FIP35は初期下り坂フォルダーでなく,FIP35は高い自由エネルギー障壁が分離した集団一方通行中間体を経由して折畳む;景観粗さよりもむしろ高い自由エネルギー障壁が立体配座転移に対する速度の主要な決定因子である;折畳み反応速度論1/k₀の頻度因子は1μsよりも~10nsである。

シソーラス用語： *タンパク質 ,  *折畳み構造 ,  *自由エネルギー ,  空間分解能 ,  時間分解能 ,  配座転移 ,  *反応座標 ,  反応速度論 ,  頻度因子 ,  遷移状態 ,  反応中間体 ,  因果律 ,  温度ジャンプ法 ,  最適化手法 ,  トラジェクトリー ,  拡散係数 ,  時間依存性 ,  ヘアピン構造 ,  化学緩和 ,  タンパク質折畳み
準シソーラス用語： エネルギー障壁 ,  因果関係 ,  第一通過時間 ,  立体配座転移

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (6件)： 蛋白質 ,  折畳み ,  動力学 ,  自由エネルギー ,  景観 ,  解析