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J-GLOBAL ID：201102221748552479   整理番号：11A2009112

マルコフ状態モデルにより超長距離MD軌道におけるフォールディングと機能的動態が明らかになる

Markov State Model Reveals Folding and Functional Dynamics in Ultra-Long MD Trajectories

著者 (5件)： LANE Thomas J. (Stanford Univ., California, USA) ,  BOWMAN Gregory R. (Stanford Univ., California, USA) ,  BEAUCHAMP Kyle (Stanford Univ., California, USA) ,  VOELZ Vincent A. (Stanford Univ., California, USA) ,  PANDE Vijay S. (Stanford Univ., California, USA)
資料名： Journal of the American Chemical Society  (Journal of the American Chemical Society)
巻： 133  号： 45  ページ： 18413-18419  発行年： 2011年11月16日 
JST資料番号： C0254A  ISSN： 0002-7863  CODEN： JACSAT  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 少数の超長距離軌道を生成する特別なハードウエアからの結果の投影に基づく解析と,マルコフ状態モデル(MSM)で実施する大規模並列サンプリングの統計学的解釈により,生物学的に関連する長い時間スケールに対する分子シミュレーションが行われている。本研究では,超長距離軌道,特に2種類の先に報告されたFiP35 WWドメインの100μs軌道からマルコフモデルを構築することにより,MSMについて評価を行った。MSMアプローチにより,WWドメインのどちらかのβ-ヘアピンが最初に形成される新たな統計学的に有意なフォールディング経路が発見された。このプロセスの速度は直接的な定量比較における実験値に近く,その差は2倍以内であった。MSMのハブ様トポロジーおよびホロ立体配座の同定により,立体配座選択機構を介したドメインの機能の発現機構が予測された。

シソーラス用語： *分子動力学 ,  折畳み構造 ,  Markov過程 ,  Markov連鎖 ,  シミュレーション ,  立体配座 ,  タンパク質 ,  *確率モデル ,  *Markovモデル ,  分子シミュレーション ,  *数学モデル
準シソーラス用語： FiP35

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (4件)： 長距離 ,  Md ,  軌道 ,  フォールディング