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J-GLOBAL ID：201102239149086032   整理番号：11A1506351

さまざまなゲノム関係マトリックスが精度およびスケールに及ぼす影響

Effect of different genomic relationship matrices on accuracy and scale

著者 (6件)： CHEN C. Y. (Univ. Georgia, Athens) ,  MISZTAL I. (Univ. Georgia, Athens) ,  AGUILAR I. (Univ. Georgia, Athens) ,  AGUILAR I. (Instituto Nacional de Investigacion Agropecuaria, Las Brujas, URY) ,  LEGARRA A. (INRA, Castanet-Tolosan, FRA) ,  MUIR W. M. (Purdue Univ., IN)
資料名： Journal of Animal Science  (Journal of Animal Science)
巻： 89  号： 9  ページ： 2673-2679  発行年： 2011年09月 
JST資料番号： A0857A  ISSN： 0021-8812  CODEN： JANSAG  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 各SNPの影響を想定する場合あるいはゲノム関係マトリックス(G)を有するBLUPを用いる場合に,ゲノム選択が行なわれる。Gを構築するオプションが,Gの平均対角(AvgD)および非対角(AvgOff)要素に及ぼす影響を評価し,Gにおける偏りの原点を調べた。ブロイラー287,614羽の体重(BW)と胸肉(BM)のデータおよび57,636SNPの遺伝子型を用い,シングルステップゲノムBLUP(ssGBULP)によりGに及ぼすさまざまな補正を分析した。ssGBULPにおけるGは,同等(0.5;GEq)あるいは現行(GC)対立遺伝子頻度および全SNPまたは小さな対立遺伝子頻度(MAF)を有するSNPで構築した。さらに,トリ遺伝子型系統ベースの関係マトリックスを用いた。マトリックスおよびその逆変換相関をAvgDおよびAvgOff要素について比較した。全GEqおよびGCの予測能力は,MAF=0.4以外で類似し,BWに対して0.01減少し,BM面積に対して0.01改善した。遺伝子型の偏りはGEqとともに上向き,GCとともに下向いた。ssGBLUPの不偏性評価は,スケール化したGCにより得られると考えた。小さなMAFを有するSNPの減少は,真の精度に及ぼす影響は小さかったが,逆変換による予測精度を不当に増加させる可能性が考えられた。

シソーラス用語： *ブロイラー ,  体重 ,  鶏肉 ,  *一塩基多型 ,  ゲノム ,  *不偏推定 ,  行列 ,  遺伝子型 ,  遺伝子頻度 ,  数学的変換 ,  精度
準シソーラス用語： *BLUP ,  むね肉 ,  マトリックス逆変換 ,  予測精度

分類 (2件)： 鶏  (FD03020F) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J)

タイトルに関連する用語 (3件)： ゲノム ,  マトリックス ,  スケール