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J-GLOBAL ID：201102261423078314   整理番号：11A0119239

次世代シークエンシングデータのエラーの補正とHIVの準種の信頼性のある推定

Error correction of next-generation sequencing data and reliable estimation of HIV quasispecies

著者 (6件)： ZAGORDI Osvaldo (ETH Zurich, Basel) ,  ZAGORDI Osvaldo (SIB - Swiss Inst. of Bioinformatics, CHE) ,  KLEIN Rolf (Inst. Immunologie und Genetik, Kaiserslautern, DEU) ,  DAEUMER Martin (Inst. Immunologie und Genetik, Kaiserslautern, DEU) ,  BEERENWINKEL Niko (ETH Zurich, Basel) ,  BEERENWINKEL Niko (SIB - Swiss Inst. of Bioinformatics, CHE)
資料名： Nucleic Acids Research  (Nucleic Acids Research)
巻： 38  号： 21  ページ： 7400-7409  発行年： 2010年 
JST資料番号： D0242C  ISSN： 0305-1048  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 次世代シークエンシング技術は遺伝的に不均一なサンプルを極めて詳細に解析することが可能で,低頻度変異体の検出も可能とされているが,その実行可能性はシークエンシングエラーの補正に依存する。本研究では,低頻度変異体の検出におけるエラーの影響を最小にする確率的ベイジアンアプローチを開発した。本法をHIV-1 gag/pol遺伝子の1.5 kb断片から得たパイロシークエンシングデータに適用し,PCR増幅の効果を解析した。エラーの補正によりパイロシークエンシングの塩基置換率が2から5分の1まで低下することが分かった。0.1%の希少なウイルスクローンが完全な配列再構成で検出された。確率的ハプロタイプ推定は,精度および再現率において計数を用いた呼出方法よりも優れていた。以上より,パイロシークエンシングは遺伝的に異なるサンプルの研究に利用可能であること,技術的エラーが適切に処理されれば高い精度が得られることが示された。

シソーラス用語： Bayes推定 ,  *HIV【ウイルス】 ,  突然変異体 ,  遺伝学実験技術 ,  利用 ,  遺伝子再編成 ,  *精度 ,  誤差 ,  PCR法 ,  ハプロタイプ ,  ウイルス遺伝子 ,  構造遺伝子
準シソーラス用語： *次世代シークエンシング ,  ピロシークエンス法 ,  臨床応用 ,  pol遺伝子 ,  gag遺伝子 ,  *種同定

分類 (2件)： ウイルスの生化学  (EG04030F) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (5件)： 次世代シークエンシング ,  エラー ,  HIV ,  種 ,  推定