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J-GLOBAL ID：201102264037129469   整理番号：11A0135838

縮減側鎖と溶媒質量を経由したペプチドの増強立体配座サンプリング

Enhanced Conformational Sampling of Peptides via Reduced Side-Chain and Solvent Masses

著者 (2件)： LIN I-Chun (New York Univ., New York, USA) ,  TUCKERMAN Mark E. (New York Univ., New York, USA)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 114  号： 48  ページ： 15935-15940  発行年： 2010年12月09日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 正しい三次元構造は蛋白質が適切に機能するため必須であり,そのアミノ酸配列のみから蛋白質の三次構造を予測する種々の技法が提案されている。古典的分子動力学計算において平衡熱力学単独または位置依存関数の平均を求めるとき,ハミルトニアンおける原子質量選択は無関係になる。結局,Bennett質量テンソル動力学(C.H.Bennett,Comput.Phys.1975,19,267)で立体配座サンプリング効率を改良することを支援する自由パラメータとして質量は使用される。蛋白質構造の計算研究は系の平衡特性を予測することを狙った計算分類に該当し,原子位置のみに依存する位相空間関数の平均から得られる。ここでは,縮減側鎖と溶媒質量が溶液中Tyr-Gln-Asn-Pro-Asp-Gly-Ser-Gln-Ala残基ヘアピン形成ペプチドの折畳み挙動に及ぼす効果を報告した。縮減側鎖と溶媒質量に対する物理的動機付けは溶媒粘度の効果的縮減である。選出粗粒蛋白質モデルに用いる溶媒の平均力ポテンシャル(PMF)の理念によって側鎖質量スケーリングを動機付けた。極めて大きな質量差制限で,質量縮減が溶媒,側鎖及び主鎖運動間の断熱デカップリングを有効創製し,その結果主鎖と側鎖の両者が溶媒(PMF)面を同時に移動し,主鎖は更に側鎖PMF上を移動した。質量選択の任意性のため,この制限は実用上近似的に達成するのに唯一必要がある。特に,スケーリングした溶媒と主鎖間の中間にある溶媒質量と側鎖質量スケールにおける10倍縮減は立体配座サンプリングにおける定量的増強を導く。

シソーラス用語： ヘアピン構造 ,  *折畳み構造 ,  立体配座 ,  *標本抽出 ,  アミノ酸配列 ,  アミノ酸残基 ,  分子動力学 ,  計算機シミュレーション ,  スケーリング【計数】 ,  全エネルギー ,  ポテンシャルエネルギー ,  時間発展 ,  *オリゴペプチド ,  デカップリング ,  位相空間 ,  三次構造
準シソーラス用語： サンプリング【統計】 ,  粗粒モデル ,  蛋白質立体配座 ,  分子動力学シミュレーション ,  平均力ポテンシャル ,  三次元構造

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (8件)： 縮減 ,  側鎖 ,  溶媒 ,  質量 ,  ペプチド ,  増強 ,  立体配座 ,  サンプリング