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J-GLOBAL ID：201102264912707773   整理番号：11A0521349

蛋白質構造を構築するためのビルディングブロックを見出すための漸増的マウンテンクラスタリング法

Incremental Mountain Clustering Method to Find Building Blocks for Constructing Structures of Proteins

著者 (3件)： LIN Ken-Li (Chung-Hua Univ., Hsinchu, TWN) ,  LIN Chin-Teng (National Chiao Tung Univ., Hsinchu, TWN) ,  PAL Nikhil R. (Indian Statistical Inst., Calcutta, IND)
資料名： IEEE Transactions on Nanobioscience  (IEEE Transactions on Nanobioscience)
巻： 9  号： 4  ページ： 278-288  発行年： 2010年12月 
JST資料番号： W1381A  ISSN： 1536-1241  CODEN： ITMCEL  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 構造マウンテンクラスタリング法(SMCM)及び二段階クラスタリングアルゴリズム(TSCA)を考察し,蛋白質/ペプチドの三次元構造を再構築するためのビルディングブロックライブラリーを見出すための漸増的SMCMと命名したアルゴリズムを提案した。本漸増的SMCMアルゴリズムを71及び143の試験ペプチドセットの再構築に応用し,全体的適合性RMSE及び局部的適合性RMSEの両方が低い値で再構築できた。低い局部的適合性RMSE値は抽出されたビルディングブロックが良好な量子化器であることを示唆した。また,Shannonエントロピーを用いて本アルゴリズムによって見出されたクラスタの構造的類似性を示した。

シソーラス用語： *ブロック ,  *回路モジュール ,  クラスタ化 ,  クラスタ模型 ,  *計算機アルゴリズム ,  誤差 ,  エントロピー ,  量子化器 ,  *分子構造
準シソーラス用語： RMSE【誤差】 ,  Shannonエントロピー ,  *ビルディングブロック ,  *蛋白質構造

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： 蛋白質構造 ,  構築 ,  ビルディングブロック ,  漸増 ,  クラスタリング法