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J-GLOBAL ID：201102269804917410   整理番号：11A0113838

PDZドメイン折畳み過程に存在する誤折畳み中間体の構造的特性化

Structural characterization of a misfolded intermediate populated during the folding process of a PDZ domain

著者 (6件)： GIANNI Stefano (Universita di Roma ‘La Sapienza’, Rome, ITA) ,  IVARSSON Ylva (Universita di Roma ‘La Sapienza’, Rome, ITA) ,  DE SIMONE Alfonso (Univ. Cambridge, Cambridge, GBR) ,  TRAVAGLINI-ALLOCATELLI Carlo (Universita di Roma ‘La Sapienza’, Rome, ITA) ,  BRUNORI Maurizio (Universita di Roma ‘La Sapienza’, Rome, ITA) ,  VENDRUSCOLO Michele (Univ. Cambridge, Cambridge, GBR)
資料名： Nature Structural & Molecular Biology  (Nature Structural & Molecular Biology)
巻： 17  号： 12  ページ： 1431-1437  発行年： 2010年12月 
JST資料番号： W0637A  ISSN： 1545-9993  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Scenedesmus obliquus由来PDZドメイン含有D1内C末端配列認識プロセシング酵素(D1p)をモデル蛋白質として,Φ-値分析と分子動力学シミュレーションから,その生産/非生産的折畳み経路を解析した。90~00aaの小ドメインPDZは2つのαヘリックスではさまれたβサンドイッチフォルド(βββαββαβ)構造をとり,その形成過程で天然状態への折畳みとオフ経路中間体への誤った折畳みの動力学的競合が関与した。D1pの生産的折畳み遷移状態での構造特性は典型的なPDZドメイン折畳みの初期遷移状態に類似しており,保存的生産的折畳み経路の存在を示唆した。誤折畳み中間体は全体的には天然様トポロジーを有しているが,N末端β-ヘアピンの不適切ドッキングから生ずるリガンド結合ポケット領域の非天然非機能的配置で特性化され,コンパクトな構造を取ることが多く,拡張された天然領域と誤って構築された構造要素を含むと考えられた。

シソーラス用語： Scenedesmus obliquus ,  プロテイナーゼ ,  結合部位 ,  *折畳み構造 ,  アミノ酸配列 ,  分子認識 ,  計算機シミュレーション ,  遷移状態 ,  分子モデル
準シソーラス用語： C末端プロセシング酵素 ,  PDZドメイン ,  分子動力学シミュレーション

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (5件)： PDZドメイン ,  折畳み ,  過程 ,  折畳み中間体 ,  構造的特性