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J-GLOBAL ID：201102271951319272   整理番号：11A1755118

DNA配列の構造的プロファイルの経験的モード分解とFourier変換を用いたエキソン予測

Exon prediction using empirical mode decomposition and Fourier transform of structural profiles of DNA sequences

著者 (2件)： ZHANG Wei-feng (Dep. of Applied Mathematics, South China Agricultural Univ., 483 Wushan Road, Guangzhou 510642, CHN) ,  YAN Hong (Dep. of Electronic Engineering, City Univ. of Hong Kong, 83 Tat Chee Avenue, Kowloon, Hong Kong)
資料名： Pattern Recognition  (Pattern Recognition)
巻： 45  号： 3  ページ： 947-955  発行年： 2012年03月 
JST資料番号： D0611A  ISSN： 0031-3203  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Fourier変換,ウェーブレット変換,自己回帰モデルのようなスペクトル解析手法は,訓練データまたは事前知識を必要としないその柔軟性により,エキソン予測問題を解くために良く利用されてきた。ショートエキソンを検出することは困難な問題である。従来の方法により得られた結果は,しばしば,ショートエキソンのスペクトルパターンを正しく特定できなかったため,不満足なものであった。ここでは,経験的モード分解とFourier変換に基づく改良エキソン法を提案した。この手法は,DNA配列をその構造的特徴により数値的に表現し,これにより,従来方法ではほとんど観察されなかった顕著パターンを検出できた。この構造プロファイルを用いて,スライディングウィンドウ内の局所1/3周波数スペクトルのピークを調べることにより,確からしいエキソンを検出した。このウィンドウ内のデータをまず経験的モード分解により,固有のモード関数の集合に分解した。次ぎに,最初の固有モード関数を用いて,高速Fourier変換により局所スペクトルを算出した。この方法を,バイナリ表現による従来のFourier変換と最近提案されたペアスペクトルコンテンツ法と比較した。ランダムに選んだ人ゲノムデータセットとGENSCANベンチマークデータセットでの実験で,この方法が解析配列の信号対雑音比を高め,ショートエキソンの予測精度を改善することを示した。Copyright 2011 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： ヌクレオチド配列 ,  *遺伝子 ,  分解 ,  *Fourier変換 ,  ゲノム
準シソーラス用語： *DNA配列 ,  *エキソン予測 ,  *モード分解

分類 (1件)： パターン認識  (JE07000S)

タイトルに関連する用語 (6件)： DNA配列 ,  プロファイル ,  経験的モード分解 ,  Fourier変換 ,  エキソン ,  予測