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J-GLOBAL ID：201102272313665780   整理番号：11A0174631

qPCR分析へのDNA完全性測定の取り込み

Incorporation of measurement of DNA integrity into qPCR assays

著者 (4件)： BRISCO Michael J. (Flinders Univ., South Australia, AUS) ,  LATHAM Sue (Flinders Univ., South Australia, AUS) ,  BARTLEY Paul A. (Flinders Univ., South Australia, AUS) ,  MORLEY Alexander A. (Flinders Univ., South Australia, AUS)
資料名： BioTechniques  (BioTechniques)
巻： 49  号： 6  ページ： 893-897  発行年： 2010年12月 
JST資料番号： C0930C  ISSN： 0736-6205  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 定量PCR(qPCR)分析へDNA完全性の測定を取り込むための実践的な方法を開発した。それで,qPCRによるDNA病変の頻度及び対象配列の増幅画分(AF)を導くためにPoisson分布及び指数PCR増幅の数学を組み合わせた。Poisson分布の仮説に対して実験的に証明し,qPCRが十分に分解を測定できるかどうかをみるため,最初に増幅効率が検討する長さの範囲にわたってアンプリコン長に依存しないことを保証するqPCR条件を最適化した。標的のAFがこの頻度及び標的長から測定でき,実験結果がDNA損傷の程度及び他の尺度に相関していることを示した。白血病患者由来のqPCRサンプルでの標的配列のAFと共に対照サンプルでの病変/塩基に対する値を測定した。最終qPCR結果の計算に使用したAFは一般的に>0.5であったが,2-3サンプルでは<0.2であり,これがDNAのかなりの分解を示していた。従って,DNA損傷が必ずしも予測できず,サンプルのDNA完全性の定量化及び特異的qPCR標的のAFの測定がqPCRの精度を改善し,負の結果の説明の一助となる,と推断した。なお,qPCRでのAFには急性リンパ性白血病小児症例,慢性骨髄性白血病成人症例,並びに健常人の各々髄液由来DNAからN-RAS遺伝子の3セグメント(70,231及び397bp)を調製して使用し,測定した結果を提示した。

シソーラス用語： PCR法 ,  *完全性 ,  病気 ,  ヌクレオチド配列 ,  Poisson分布 ,  遺伝子 ,  条件 ,  最適条件 ,  *DNA損傷 ,  相関 ,  定量分析 ,  リンパ性白血病 ,  急性白血病 ,  子供 ,  慢性骨髄性白血病 ,  成人 ,  髄液 ,  DNA【核酸】 ,  *ras遺伝子 ,  *白血病 ,  *定量的PCR法
準シソーラス用語： *DNA完全性 ,  DNA病変 ,  *N-ras遺伝子 ,  アンプリコン ,  急性リンパ性白血病 ,  指数PCR増幅 ,  小児 ,  相関性 ,  *定量PCR法 ,  反応条件 ,  病変

分類 (4件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  造血・リンパ系一般  (EJ07010N) ,  腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N) ,  血液の基礎医学  (GK01020N)

タイトルに関連する用語 (5件)： qPCR ,  分析 ,  DNA ,  完全性 ,  取り込み