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J-GLOBAL ID：201102273400425350   整理番号：11A1195204

Saruma henryi発現配列タグにおける単純配列反復のデータマイニング

Data mining for simple sequence repeats in expressed sequence tags from Saruma henryi

著者 (6件)： LI Shan (School of Life Sciences and Technol., Tongji Univ., Shanghai) ,  ZHOU Tian-hua (Coll. of Life Sciences, Northwest Univ., Shaanxi, Xi’an) ,  ZHAO Gui-fang (Coll. of Life Sciences, Northwest Univ., Shaanxi, Xi’an) ,  ZHU Yun-guo (School of Life Sciences and Technol., Tongji Univ., Shanghai) ,  YANG Xiao-ling (School of Life Sciences and Technol., Tongji Univ., Shanghai) ,  CHENG Zhou (School of Life Sciences and Technol., Tongji Univ., Shanghai)
資料名： Zhongcaoyao  (Zhongcaoyao)
巻： 41  号： 3  ページ： 464-468  発行年： 2010年 
JST資料番号： C2294A  ISSN： 0253-2670  CODEN： CTYAD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 【目的】Saruma henryi発現配列タグ(EST)資源の単純配列反復(SSR)情報を分析して,この生物種におけるEST-SSR標識開発の確実な基礎を築く。【方法】S.henryiのESTsをジェンバンクからダウンロードして,Sequencher4.8を使用したコンティグ構築の実施した。Uni-ESTsを得て,SciRoKo3.4を用いてSSRを含むunigeneをスクリーニングした。EST-SSRsの分布頻度とモチーフの基本特性を分析した。【結果】S.henryiの全10274ESTsを検索し,5.11×106bpの全長を持つ6643の非-冗長性Uni-ESTsに組み立てた。合計で,データマイニングで1408SSR座を得て,それは1232Uni-ESTs(18.55%)に対応していた。平均的には,EST-SSRsは22.30bpのスパンを持ち,3.63kb毎の長さで発生した。S.henryiでは,モノヌクレオチドの反復が優勢で12.24%の発生頻度であった。ジヌクレオチドの反復が5.01%の頻度でこれに続いた。全ての反復モチーフの中で最も頻繁なのがA/Tであり,次にAG/CTが続いた。【結論】S.henryiのESTsのSSRsは発生頻度が比較的高い水準を示し,タイプの豊富さを示した。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST

シソーラス用語： ヌクレオチド配列 ,  データマイニング ,  生物分類 ,  *マイクロサテライト ,  スクリーニング ,  頻度
準シソーラス用語： 発現配列タグ ,  生物種 ,  *SSR ,  発生頻度

分類 (1件)： 植物の生化学  (EH01050J)

タイトルに関連する用語 (3件)： 発現配列タグ ,  反復 ,  データマイニング