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J-GLOBAL ID：201102285222241795   整理番号：11A1055902

土壌細菌群集中のVerrucomicrobiaの過小評価された優占度

The under-recognized dominance of Verrucomicrobia in soil bacterial communities

著者 (14件)： BERGMANN Gaddy T. (Cooperative Inst. for Res. in Environmental Sciences, Univ. of Colorado at Boulder, Campus Box 216, Boulder, CO ...) ,  BERGMANN Gaddy T. (Dep. of Ecology and Evolutionary Biology, Univ. of Colorado at Boulder, Campus Box 334, Boulder, CO 80309-0334, USA) ,  BATES Scott T. (Cooperative Inst. for Res. in Environmental Sciences, Univ. of Colorado at Boulder, Campus Box 216, Boulder, CO ...) ,  BATES Scott T. (Dep. of Ecology and Evolutionary Biology, Univ. of Colorado at Boulder, Campus Box 334, Boulder, CO 80309-0334, USA) ,  EILERS Kathryn G. (Cooperative Inst. for Res. in Environmental Sciences, Univ. of Colorado at Boulder, Campus Box 216, Boulder, CO ...) ,  EILERS Kathryn G. (Dep. of Ecology and Evolutionary Biology, Univ. of Colorado at Boulder, Campus Box 334, Boulder, CO 80309-0334, USA) ,  LAUBER Christian L. (Cooperative Inst. for Res. in Environmental Sciences, Univ. of Colorado at Boulder, Campus Box 216, Boulder, CO ...) ,  LAUBER Christian L. (Dep. of Ecology and Evolutionary Biology, Univ. of Colorado at Boulder, Campus Box 334, Boulder, CO 80309-0334, USA) ,  CAPORASO J. Gregory (Dep. of Chemistry and Biochemistry, Univ. of Colorado at Boulder, Campus Box 215, Boulder, CO 80309-0215, USA) ,  WALTERS William A. (Dep. of Molecular, Cellular, and Developmental Biology, Univ. of Colorado at Boulder, Campus Box 347, Boulder, CO ...) ,  KNIGHT Rob (Dep. of Chemistry and Biochemistry, Univ. of Colorado at Boulder, Campus Box 215, Boulder, CO 80309-0215, USA) ,  KNIGHT Rob (Howard Hughes Medical Inst., 4000 Jones Bridge Road, Chevy Chase, MD 20815-6789, USA) ,  FIERER Noah (Cooperative Inst. for Res. in Environmental Sciences, Univ. of Colorado at Boulder, Campus Box 216, Boulder, CO ...) ,  FIERER Noah (Dep. of Ecology and Evolutionary Biology, Univ. of Colorado at Boulder, Campus Box 334, Boulder, CO 80309-0334, USA)
資料名： Soil Biology & Biochemistry  (Soil Biology & Biochemistry)
巻： 43  号： 7  ページ： 1450-1455  発行年： 2011年07月 
JST資料番号： D0628A  ISSN： 0038-0717  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Verrucomicrobiaは土壌中に広範囲に分布するが,細菌門のこの構成員は土壌中に低頻度で見られると考えられている。Verrucomicrobiaの密度,多様性および分布に特に焦点を当てた研究はほとんど無い。ここに筆者らは,山地の針葉樹林に掘られた穴から採取した土壌(69サンプル)とともに,南極大陸,ヨーロッパおよびアメリカの生物群系の範囲から採取した表面土壌(112サンプル)中のVerrucomicrobia群集を分析するために,バーコード化したパイロシーケンスを用いた。表層から採取したデータはVerrucomicrobiaが細菌の平均23%であり,推定されていたものよりずっと高密度であることを示す。筆者らは,通常用いるプライマーの多くが増幅中にVerrucomicrobiaの16SrRNA遺伝子を除外するように思えるので,この過小評価がプライマーの偏見によるらしいことを示す。Verrucomicrobiaは実験を行った181土壌中のうち180で検出され,ほとんど全ての生物群系と土壌深においてSpartobacteria綱のメンバーがVerrucomicrobiaの優占群であった。Verrucomicrobiaの相対密度は,それらがしばしば細菌門の優占群である草地と表面下土壌層で最も高かった。それらの生態はまだほとんど理解されないままであるが,Verrucomicrobiaは地球規模で土壌細菌群集の優占群であるらしく,生態に関する追加研究で明らかにする必要がある。Copyright 2011 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *土壌細菌 ,  *細菌 ,  遺伝学実験技術 ,  rRNA遺伝子 ,  プライマー【遺伝】 ,  相対密度 ,  *優占種 ,  生物群系 ,  土壌物理特性 ,  針葉樹林
準シソーラス用語： 16S rRNA遺伝子 ,  Spartobacteria ,  *Verrucomicrobia ,  ピロシークエンス法 ,  土壌深度

分類 (2件)： 土壌生物  (FB04050N) ,  微生物の生態  (EG03040J)

タイトルに関連する用語 (3件)： 土壌細菌 ,  Verrucomicrobia ,  過小評価